İstanbul Cumhuriyet Savcılığı tarafından hazırlanan iddianamede, 13 Aralık 1999 tarihinde Fransız Adli Makamları tarafından Türkiye'ye iade edilen Alaattin Çakıcı hakkındaki "iade" ve "muvafakat" taleplerinin bir kısmının Fransa tarafından kabul edilmesi karşısında, Suçluların İadesine Dair Avrupa Sözleşmesi'nin 14. maddesinin 1. fıkrasındaki kısıtlamanın uygulanmasının söz konusu olduğu belirtildi. İddianamede ayrıca, Çakıcı'nın müsnet suçlardan dolayı DGM tarafından Fransa'ya yapılan muvafakat talebinin, Fransa'nın 30 Kasım 2000 tarihli Başbakanlık Kararnamesi ile kabul edildiği, ancak avukatının yaptığı itirazları inceleyen Fransız Danıştayı'nın 29 Temmuz 2002 tarihli kararı ile Çakıcı hakkında çete suçundan yeterli delil olmaması ve ihaleye fesat karıştırma suçunun ise Fransa'dan iadeyi gerektirir bir suç olmadığı gerekçesiyle muvafakat talebinin kabulüne yönelik kararnameyi iptal ettiği kaydedildi.
Çakıcı hakkındaki iddialar konusunda kovuşturmaya devam edilmesinin hukuken mümkün görülmemesi nedeniyle 2 Ekim 2003 tarihinde 'takipsizlik' kararı verildiği belirtilen iddianamede, Adalet Bakanlığı Uluslararası Hukuk ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü'nce İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı'na "Daha önce Fransız Adli Makamları'nca reddedilen Çakıcı'nın iadesine dair talebin yeniden düzenlenen hukuki mevzuat ve Anayasa'da yapılan değişiklikler sonucu idam cezasının kaldırılması hususu da dikkate alınarak yeniden iade talepnamesi düzenlenmesi" yolundaki yazı üzerine yeni bir iade talepnamesi düzenlendiği belirtildi. Türkiye'ye iade edilen Çakıcı'nın, 3 Mayıs 2004 tarihinde başkasının adına düzenlenmiş pasaportla Antalya Serbest Bölge'den deniz yoluyla yurt dışına çıkış yaptığının anlatıldığı iddianamede, hakkında Kırmızı Bülten çıkartılan Çakıcı'nın, 1995-96'dan itibaren çeşitli silahlı saldırı olayları nedeniyle yakalanan ve ifadeleri alınan sanıkların bu olayları Çakıcı'nın talimatları doğrultusunda işlediklerini ifade ettikleri belirtildi.
TÜRK TİCARET BANKASI İHALESİ
DGM'ce yürütüldüğü sırada, Türk Ticaret Bankası ihalesine karar verildiği, ihaleye katılan Korkmaz Yiğit'in sahibi olduğu Korkmaz İnşaat Taahhüt ve Ticaret AŞ'nin ihaleyi kendi lehine sonuçlandırabilmek için ihaleye katılan şirket ve kişilerle temasa geçtiği, rekabeti önlemek için gizli ittifaklar kurduğunun kaydedildiği iddianamade, Korkmaz Yiğit'in öteden beri Türkbank'la ilgilenen Çakıcı'yla irtibat ve işbirliği sağladığı, Çakıcı'nın, ihaleye katılmak üzere dosya alan ve dosya almayan kişileri tehdit ederek ihaleden çekilmeye sevk ettiği belirtildi.
4 Ağustos 1998'de yapılan Türkbank'ın resmi ihalesi için 600 milyon dolar teklif veren Korkmaz Yiğit'in ihaleyi kazandığı; ancak Çakıcı'yla Yiğit arasında geçen telefon konuşmalarının kasetlerinin yayınlandığı belirtilen iddianamede, Çakıcı'nın telefonla ulaşamadığı kişilere Mehmet Kocabaş, Emin Cankurtaran, Duran Akbulut ve Mustafa Kefeli ile mesaj göndererek ihaleden çekilmelerini sağladığı, Hayyam Gariboğlu'nun ihalede yüksek pey sürmesini engellediği, aracılar ve telefon tehditleriyle etkili olamadığı kişilere ve işyerlerine yönelik silahlı saldırı düzenlettiği, bu kapsamda 25-26 Mayıs 1998'de Çukurova Şirketi'ne karşı ve Pamukbank'ın Mecidiyeköy'deki Genel Müdürlük binasına lav silahı ile saldırıda bulunmak istediği; ancak bu silahı kullanacak kişinin başka suçtan tutuklanması nedeniyle eylemini gerçekleştiremediği kaydedildi.
İddianamede son olarak, Çakıcı'nın "cürüm işlemek için teşekkül oluşturmak" ve "Türk Ticaret Bankası'nın ihalesine fesat karıştırmak" suçundan TCK'nın 313/1-4 ve 366/1 maddeleri uyarınca 4 yıla kadar hapis cezasına çarptırılması istendi.