Mandela, Türkiye'den gelen ödülü reddetmesinin nedenini, Afrika ülkelerindeki iç savaşlarda kullanılan silahları Türkiye'nin temin etmesi şeklinde açıklamıştı. Bununla birlikte Güney Afrika'daki apartheid (ayrımcı) rejime karşı direnişinde ise silahlı mücadeleden kaçınmadı.
Madela, hükümet tarafından onaylanan bir kanunla kurucusu olduğu African National Congress (ANC)'in yasadışı ilan edilmesiyle 'terörist' ilan edildi. Mandela sadece ANC'nin kurucu ve liderlerinden biri değildi. Aynı zamanda ayrımcı rejime karşı silahlı mücadele veren UmKhonto we Sizwe (MK)'nin de kurucusuydu. MK'nin kurulma nedeni 21 Mart 1960'ta Sharpville Katliamı olarak tarihe geçen olaydı. Sharpville Katliamı'nda mecliste kabul edilen "Pass laws" yasasını barışçıl bir biçimde protesto eden siyahi vatandaşlara Güney Afrika polisinin ateş açması sonucu 69 kişi katledildi.
MK, insanları hedef alan bir organizasyon değildi ve hükümeti sabote ederek düşürmeyi hedefliyordu. Fakat işler Mandela'nın istediği gibi gitmedi ve birçok can kaybına neden olan bombalama olayları yüzünden Mandela yakalandı ve yargılandı.
Mandela Rivonia Duruşması'nda can kaybıyla sonuçlanan sabotaj girişimlerinde suçunu kabul etti. Üç saat boyunca kürsüde konuşan Mandela'nın konuşması tarihe "Ölmeye Hazırım" başlığıyla geçti. Mandela'nın konuşmasındaki bazı dikkat çekici noktalar ise şöyle:
Sharpeville Katliamı'nı örnek vererek
"eğer hükümet bize karşı şiddet kullanırsa biz de onlara karşı şiddet kullanmak zorunda kalırız"
"İzlediğimiz yolu seçmemizin nedeni hükümetin bize başka bir çare bırakmamış olması."
"Hayatımı Afrikalıların mücadelesine adadım. Beyaz egemenliğine karşı çıktığım kadar siyah egemenliğine de karşı çıktım. Tüm halkların uyum içinde ve eşit fırsatlara sahip olduğu demokratik ve özgür bir toplum idealini benimsedim. Bu idealin gerçekleşmesi için yaşayacağım. Fakat, tanrı korusun, gerekirse bu ideal için ölmeye hazırım."
Suçunu itiraf etmesinin sonucunda Mandela ve 9 ANC lideri müebbet hapse mahkum edildi. Mandela hapisteki 18 yılını Robben Adası'nda geçirdi. Bu süreç boyunca sürekli Güney Afrika hükümet,, ANC ve MK temsilcileri ile iletişim halinde kalmaya devam etti. Hapishanedeyken de MK tarafından üstlenilen birçok bombalama olayıyla da dolaylı olarak ilgisi olduğu düşünülüyordu. Başta İngiltere ve ABD olmak üzere uzun yıllar terörist listesinde yer aldı. Hatta ABD Mandela'yı ölümünden sadece birkaç sene önce, 2008'de terör listesinden çıkardı.
Mandela'nın hapiste olduğu süre boyunca Güney Afrika hükümeti tarafından, silahlı mücadeleyi bırakmak şartıyla tahliyesi teklif edildiği ve Mandela'nın ayrımcı yasalar kaldırılmadan hapisten çıkmayı reddettiği rivayet edilir.
Mandela'nın başkanlığı boyunca Güney Afrika Cumhuriyeti silahlanmaya 100 milyonlarca dolar harcadı. Bununla birlikte Gaddafi, Suharto ve darbeyle Nijerya'nın başına gelen Sani Abacha ile yakın ilişkilerde bulundu. Batı medyasında çıkan haberlere göre ise Suharto ANC'ye yaklaşık 60 milyon dolar, Gaddafi ise 10 milyon dolar bağış yaptı.
Başkanlığından sonra aktivistliğe devam eden Mandela yaşamını gerçekten de eşitlik ve adalete adadı demek yanlış olmaz. Özellikle Afrika'daki AIDS salgınını engellemek, iç savaşları bitirmek ve insan hakları için verdiği mücadele günahlarını silmese de kendi kusurlarını hiçbir zaman saklamadı ve saklama çabasına girdiği de söylenemez. Dünyanın saygısını sevgisini kazanan, hatalarıyla sevaplarıyla, güçlü ve karizmatik bir lider olmayı başardı.