ABD'nin terör zanlılarını tuttuğu Küba'daki Guantanamo üssü Amerikan Anayasa Mahkemesi ile Bush hükümetini karşı karşıya getirdi. Yüksek Mahkeme Bush yönetiminin 2006 yılında çıkardığı ve terör zanlılarının "habeas corpus" (Bir kişinin kendisinin ya da bir başkasının yasalara aykırı olarak gözaltına alındığı iddiasıyla mahkemeye başvurma) hakkını elinden alan yasanın anayasaya aykırı olduğu sonucuna vardı.
Böylece mahkeme tarafından Gunatanamo'daki zanlılara "Beni burada haksız yere tutuyorlar" gerekçesiyle ABD'deki herhangi bir mahkemeye başvurma hakkı tanınmış oldu. Amerika'da deprem etkisi yaratan kararın 4'e karşı 5 oyla alınması "Güvenlik mi yoksa insan hakları mı" tartışmasını da beraberinde getirdi. Kararı İtalya ziyareti sırasında öğrenen Bush düzenlediği basın toplantısında "Mahkemenin çok açık bir şekilde bölündüğü ortada. Ben bu karara hayır diyen hakimler gibi düşünüyorum. Ancak Yüksek Mahkeme'nin kararları kesindir ve bu karara uyacağız" dedi. Mahkemeye Bush tarafından atanan tüm yargıçların "hayır" oyu kullanması da ilginç bir detay olarak kayıtlara geçti.
Bush, "Anayasa Mahkemesi'nin bu kararından sonra ek bir yasa çıkarmamız gerekiyorsa o seçeneği de değerlendireceğiz. Ancak o zaman güvenli bir şekilde ABD halkının karşısına çıkıp 'Sizi korumak için elimizden geleni yapıyoruz' diyebiliriz" dedi.
Hatta Mahkeme yargıçlarından Antonin Scalia kararın okunmasının ardından yerinden kalkmayarak söz aldı ve karara yazılı itirazının bir özetini okudu. "Ulusumuz gelecekte Anayasa Mahkemesi'nin aldığı bu karar yüzünden çok büyük pişmanlık duyacak" diyen Scalia, sözlerine şöyle devam etti: "Bu karar en çok komutanlarımızı mağdur edecek. Trajik bir şekilde sivil bir mahkemeye çıkıp bir kişiyi neden orada tutmak zorunda olduklarını ispatlamak zorunda olacak."
Mahkeme yargıçlarından Anthony Kennedy ise karar metnine "Bundan böyle hiçbir gerekçe olmadan hapis tutulanlar boşa geçen bu zamanın sıkıntısını çekmek zorunda olmayacak. Artık gözaltındakilerin habeas corpus hakları tanınmıştır" diye yazdı.
"Hayır" diyen Yargıç John Roberts ise "ABD, seçimle iş başına gelmeyen ve siyasi anlamda sorumluluğu olmayan yargıçlar yüzünden ABD dış politikasına yönelik kontrollerini bir parça daha kaybetti" dedi.
Bush yönetimi tarafından çıkarılan yasa uyarınca Guantanamo'daki tutuklular "düşman savaşçı" olarak nitelendirilmiş ve bu kişilerin sorgu sualsiz yıllarca bu üste tutulmalarına olanak sağlanmıştı. Ancak 37 zanlının avukatları konuyu mahkemeye götürünce Anayasa Mahkemesi de dünkü kararını aldı. Şimdiye dek Guantanamo'da tutulan 800 zanlının üçte ikisi serbest bırakılmıştı.