Apple aslında en büyük atılımını iPhone ile değil iPod ile yaşadı. Döneminin en teknolojik ürünü olan iPod, müzik çalar olarak görev yapıyor hatta bir müzik çalardan daha fazlasını kullanıcılarına sunuyordu. Fakat iddialara göre Apple, sadece müzik çalar işlevi gören bir iPod üretmedi. Casus filmlerinde göreceğimiz türden bir iPod da Apple'ın üretim ağından çıktı.
iPod hakkındaki iddiaların sahibi David Shayer. Apple da bir dönem yazılım mühendisi olarak çalışan David Shayer, bir platforma oldukça ilginç açıklamalar yaptı. Shayer, Apple'ın 2005 yılında ABD hükümeti için özel bir iPod ürettiğini iddia etti. Shayer'e göre bu iPod, oldukça gizliydi ve filmlerdeki araçları aratmayan özelliklere sahipti. Zira bu iPod'lar şarkı çalmak bir kenara, çeşitli veriler toplayabiliyor; radyoaktivite kanıtlarını içinde bulunan geiger sayacı sayesinde yakalayabiliyordu. En azından Shayer'in inancı bu yönde.
Yazılım mühendisinin açıklamalarına bakılırsa, Apple söz konusu iPod projesini gizli tutmak için de fazlasıyla çaba sarf etti. Bu projeye için genel merkezde özel bir oda hazırlayan Apple, projenin ekibini de 4 çalışan ile sınırlı tuttu. 4 çalışandan başka ABD hükümetine özel olarak üretilen iPod'lardan hiç kimse haberdar değildi.
Apple tarafından söz konusu iddialara karşı herhangi bir açıklama gelmedi. Ancak Shayer'ın iddiaları oldukça büyük. Apple'ın ise hükümetin isteği üzerine böyle bir modelin üretimine aracılık etmiş olması muhtemel gözüküyor.