UEFA'da Beşiktaş'ın rakibi 6. grupta Malmö oldu. Galatasaray ise Norveç ekiplerinden Tromso ile eşleşti.
80 takımın yarışacağı 1. tur maçlarında rakipler şu şekilde dizildi
1. Grup
Auxerre - Levski Sofya.
Hamburg - FC Kobenhavn.
Slavia Prag - Cork City.
Metalurg Donetsk - PAOK.
Dinamo Bükreş - Everton
2. Grup
MyPa - Grasshoper.
Kızılyıldız - Braga.
Germinal - Marsilya.
Bayer Leverkusen - CSKA Sofya.
CSKA Moskova - Midtjylland.
3. Grup
Vitoria - Sampdoria.
Sevilla - Mainz.
Basel - Siroki Brijeg.
Feyenoord - Rapid Bükreş.
Hibernian - Dnipro.
4. Grup
Rennes - Osasuna.
Vitoria SC - Wisla Krakow.
Krylya Sovetov - AZ Alkmaar.
Stuttgart - Domzale.
Valerenga - Steaua Bükreş.
5. Grup
Grazer - Strasbourg.
Lokomotiv Moskova - Brann.
Palermo - Anorthosis.
Halmstad - Sporting Lizbon.
Middlesbrough - Xanthi.
6. Grup
M. Petach Tikva - Partizan.
Aris - Roma.
Beşiktaş- Malmö.
Litex - Genk.
Banik Ostrava - Heerenveen.
7. Grup
Hertha Berlin - APOEL.
Teplice - Espanyol.
Monaco - Willem II.
Viking - Austria Vienna.
Brondby - FC Zürih.
8. Grup
Lens - Groclin.
Tromsø - Galatasaray.
Bolton - Lokomotiv Plovdiv.
Shakthar - Debrecen.
Zenit - AEK.
80 takımın mücadele edeceği 1. tur maçları 15-29 Eylül tarihleri arasında oynanacak. Turu geçen 40 takım, 5'erli 8 grup halinde mücadele edecek.
Her takım grupta dört maç yapacak ve ilk üçe girenler, bir üst tura çıkacak. Bu turda ise gruplardan çıkan 24 takımın yanısıra, Şampiyonlar Ligi gruplarında 3. sırayı alan sekiz takım mücadele edecek. Eleme usulü oynanacak maçların ardından 3. tur karşılaşmalarına geçilecek.