Başsavcı Cihaner'in iddiasına göre Temmuz 2007'de Adalet Bakanı kendisini bu soruşturmaları sona erdirmesi için tehdit etti.
Mart 2009'a gelindiğinde ise Erzurum'daki özel yetkili savcı Osman Şanal, soruşturmanın kendi alanına girdiği gerekçesiyle Cihaner'den dosyayı istedi. Haziran 2009'da krize Adalet Bakanlığı el koydu. Cihaner hakkında 15 ayrı suçlamadan soruşturma başlatıldı. 26 yıl hapsi istenen Cihaner, savunmasında "Cemaatlere yönelik soruşturması nedeniyle üzerine gelindiğini" öne sürdü.
Ekim 2009'da Çatalarmut'ta bulunan el bombası ve mühimmatların ardından Ergenekon soruşturması Erzincan'a sıçradı. Aralık 2009'da MİT şube müdürü ve iki görevli gözaltına alındı. Ocak sonuna gelindiğinde ise dönemin Erzincan Alay Komutanı olan ve halen Eskişehir Alay Komutanı olan Albay Recep Gençoğlu tutuklandı.
Önceki gün ise cemaate yönelik soruşturmasını Ergenekon örgütünden aldığı emirle yaptığı öne sürülerek Başsavcı Cihaner gözaltına alındı. Olay bu noktadan sonra yargı krizine dönüştü. Dün yani 17 Şubat'ta önce Erzurum özel yetkili savcılar görevden alındı, ardından Yargıtay bu incelemeyi hukuka bulduğunu duyurdu. Hükümetin buna tepkisi gecikmedi ve HSYK'yı yetkisini aşarak yargı darbesi yapmakla suçladı. Aynı saatlerde Ağır ceza mahkemesi, savcının tutukluluğuna yapılan itirazı reddetti. Bugün ise HSYK, Adalet Müsteşarının da katıldığı toplantıda görevden alınan özel yetkili savcıların yerine üç yeni atama yaptı.