Danıştay saldırısı ile Ergenekon terör örgütü arasındaki bağlantıyla ilgili şok bir gelişme yaşandı. Danıştay katili Alparslan Arslan'a Veli Küçük ve Muzaffer Tekin'in de katıldığı toplantıda bombaları bir kutu içinde teslim eden kişiyi gizli tanık fotoğraftan teşhis etti. Gizli tanığın gösterdiği kişi gizli bir operasyonla gözaltına alındı. Aynı gizli tanık gözaltındaki şahsı tekrar teşhis edince bu kişi tutuklanarak cezaevine konuldu. Bu kişinin Muzaffer Tekin'in yakın adamlarından birisi olduğu ve çok sayıda suçtan sabıkası bulunduğu öğrenildi.
Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet Gazetesinin bombalanması olaylarının ele alındığı özel yetkili Ankara 11. Ağır Ceza Mahkemesi bombaların nerden, nasıl ve ne şekilde temin edildiği sorularını cevapsız bırakarak davayı karara bağlarken, bu sorulara Ergenekon Soruşturması savcısı Zekeriya Öz yanıt buldu. Bunun üzerine iddianamede Ergenekon terör örgütü yöneticileri ‘Danıştay saldırısı ve Cumhuriyet gazetesinin bombalanmasını azmettirmek'le suçlandı.
Savcı Zekeriya Öz'e ifade veren gizli tanık, ‘Veli Küçük ve Muzaffer Tekin'le İstanbul Ataşehir'de 27 Nisan 2006'da bir evde toplandık. Burada Veli Küçük'ün talimatı üzerine Muzaffer Tekin'in adamlarından biri diğer odadan bir karton kutu getirerek Alparslan Arslan'a verdi. Bu kutuda el bombaları vardı. Alparslan'la daha sonraki görüşmelerimizde gazeteye atılan bombaların o gün alınan bombalar olduğunu öğrendim' dedi.
Bu gizli tanığa Ergenekon üyelerinin ev ve işyerlerinde yapılan aramalarda ele geçirilen resimler gösterilerek bombaları Arslan'a teslim eden kişiyi teşhis etmesi istendi. Teşhisin ardından kimliği belirlenen şüpheli gizli bir operasyonla yakalandı. Sabah'ın haberine göre zanlı yakalandıktan sonra fotoğrafı çekilerek cezaevi savcısı aracılığıyla tekrar sanık-tanığa teşhis ettirildi. Adı gizli tutulan darp ve gasp olaylarından sabıkalı bu sanığın, Muzaffer Tekin'in yakın adamlarından biri olduğu belirlendi. Bu sanığın itiraflarda bulunması için soruşturmanın sürdürüldüğü öğrenildi.