Westebork'taki Yahudiler Alman yetkililer tarafından, Almanların işgal ettiği Polonya'daki Auschwitz-Birkenau ve Sobibor ölüm merkezlerine sürüldü.
Haziran ayının ilk haftasında, Anne ve ailesi, kendileriyle birlikte dört Hollandalı Yahudi'nin, Hermann, Auguste, Peter van Pels, ve Fritz Pfeffer'ın da saklanacağı bir apartman dairesinde gizlendiler.
İki yıl boyunca, Anne Frank'in günlüğünde "Gizli Oda” diye bahsettiği Prinsengracht sokağı 263 numaradaki aile şirketine ait ofisin arkasındaki apartmanın çatı katında gizlice yaşadılar.
Öncelikle ailenin saklanacağı yerin hazırlanmasına yardımda bulunan Otto Frank'in arkadaşları ve çalışma arkadaşları, Johannes Kleiman, Victor Kugler, Jan Gies ve Miep Gies kendi hayatlarını tehlikeye atarak Frank ailesine gıda ve giysi yardımında bulundu.
4 Ağustos 1944'te, Gestapolar (Alman Gizli Servis Polisi), kimliği belirsiz bir Hollandalının ihbarı üzerine ailenin saklandığı yeri buldu. Aynı gün, Gestapo yetkili SS Çavuş Karl Silbelbauer ve Hollandalı iki yardımcısı Frank ailesini tutukladı ve 8 Ağustos'ta Westerbrok'a gönderdi.
Bir ay sonra, Eylül 1944'te, SS subayları ve polis Franks ailesini ve onlarla birlikte saklanan dört kişiyi, Westerbrok'tan Almanların işgal ettiği Polonya'daki toplama kampı kompleksi olan Auschwitz'e giden bir trene bindirdi. Yaşlarının küçük olması nedeniyle çalıştırma amaçlı olarak, Anne ve ablası Margot 1944 yılı, Ekim ayının sonuna doğru Kuzey Almanya'da Celle yakınlarında bulunan Bergen-Belsen toplama kampına götürüldü.
Her iki kız kardeş de, İngiliz Birlikleri’nin Bergen-Belsen kampına girdiği 15 Nisan, 1945'ten yalnızca birkaç hafta önce tifüs nedeniyle hayatlarını kaybetti.
SS yetkilileri, Anne'nin anne babasını da zorunlu çalışma için seçti. Anne'nin annesi Edith 1945'te, Ocak ayının başlarında Auschwitz'de öldü. Yalnızca Anne'nin babası Otto, savaştan sağ çıktı. Otto 27 Ocak 1945'te Auschwitz kampında Sovyet Kuvvetleri tarafından serbest bırakıldı.
Saklandıkları süre boyunca, Anne korkularını, umutlarını ve yaşadıklarını kaydettiği bir günlük tuttu.
Ailenin tutuklanmasının ardından apartmanda bulunan bu günlük, Frank ailesinin saklanmasına yardım edenlerden biri, yani Miep Gies tarafından saklandı.
Genç kızın evde saklandıkları 25 ayı anlattığı 'Anne Frank'in Günlüğü' adlı kitap, 1952'de yayımlanmasından bugüne kadar 65'ten fazla dile çevrildi ve yaklaşık 30 milyon kişi tarafından okundu ve Avrupa'da, Güney ve Kuzey Amerika'da binlerce ortaokul ve lisede müfredata alındı.
Anne Frank Yahudi soykırımında hayatını kaybeden çocukların kayıp geleceğinin sembolü haline geldi.
10 Ekim 1942, Anne Frank'in günlüğünden alıntı: "Bu benim her zaman görünmek istediğim gibi bir fotoğraf. Belki böylece hala Hollywood'a gitme şansım olur. Ama şimdi korkarım çok farklı görünüyorum”. Amsterdam, Hollanda.
Anne 12 yaşında günlük yazmaya başladığında saklanmıyordu; sayfalar okuldaki arkadaşları ve sosyal etkinliklerle ilgili olaylarla doluydu. Ancak 25 ay saklanmak Anne'in olgunlaşmasını sağladı: " Böylesi zamanlarda yaşamak zordur: içimizdeki idealler, hayaller ve umutlar yaşamın acımasız gerçekleri yüzünden paramparça olur…. Hayatımı kaos, acı çekme ve ölüm üzerine kurmam mümkün değil. Dünyanın yavaş yavaş vahşete büründüğünü görüyorum; bir gün bizi de yok edecek olan fırtınanın sesini duyuyorum; milyonlarca insanın acı çekişini hissediyorum.” 15 Temmuz 1944
Anne Frank, beş yaşında. 11 Eylül 1934, Bad Aachen, Almanya.
Saklanmaya başlamadan iki yıl önce, 11 yaşındaki Anne Frank. Amsterdam, Hollanda, 1940
Aileleri Hollanda'ya firar etmeden önce, Margot ve Anne Frank. Ekim 1933, Bad Aachen, Almanya.
Annesi ve kız kardeşiyle birlikte Anne Frank. Frankfurt, Almanya, 1933.
Anne Frank'in fotoğraf albümünden 1935–1942 arasında çekilmiş enstantaneleri gösteren sayfa. Amsterdam, Hollanda.
Anne Frank ve ailesinin saklandığı Prinsengracht 263'teki ev. Amsterdam, Hollanda.
Anne Frank 12 yaşında, okul sırasında. Amsterdam, Hollanda, 1941.