1976'da Harp Okulu'na girdi ve buradan devre üçüncüsü olarak mezun oldu.
Dursun Çiçek, 1980-1984 yılları arasında Foça'da Amfibi Tugayda Takım Komutanı, 1984-1988 yılları arasında Tuzla'da Deniz Harp Okulu Bölük Komutanı olarak görev yaptı.
Dursun Çiçek, 1988'de Harp Akademisi'ne girdi. 1990 yılından itibaren 4 yıl boyunca Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Harekât Başkanlığı'nda Tatbikat Proje Subayı olarak çalıştı.
Dursun Çiçek, 1994 yılından sonra Özel Amfibi Tabur Komutanlığı'nda Harekat Eğitim Şube Müdürü olarak çalıştı. 1997-1998 yılları arasında Arnavutluk'un başkenti Tiran'da Çok Uluslu Yardım Kuvveti Plan Prensipler Şube Müdürü ve Basın ve Halkla İlişkiler Subayı olarak görev yaptı.
Dursun Çiçek, 1999'a kadar Genelkurmay Harekat Başkanlığı Bilgi Destek Grubu Harekat Kısım Amiri olarak görev yaptı. 1999-2001 döneminde Amfibi Tugay Komutanlığı Kurmay Başkanlığı yaptı. 2001'den itibaren 3 yıl İskenderun'da Deniz Er Eğitim Alay Komutanlığında çalışan Çiçek, 2004 yılında Genelkurmay Bilgi Destek Dairesine atandı ve Genelkurmay Karargâhında çalışmaya başladı.
Dursun Çiçek, 2008 Nisan ayında Taraf gazetesinde yayınlanan Mart 2006 tarihli sivil toplum kuruluşları andıcının Albay Çiçek'e ait olduğu iddia edilmişti. 73 sayfalık andıçta pek çok sivil toplum kuruluşuna ilişkin suçlamalar yer alıyordu.
Ergenekon zanlısı Mustafa Levent Göktaş'ın yine aynı soruşturma kapsamında tutuklanan avukatı Serdar Öztürk'ün ofisinde ele geçirilen ve 12 Haziran 2009'da Taraf gazetesinde manşetten verilen "İrticayla Mücadele Eylem Planı" başlıklı belge ile Dursun Çiçek, yeniden gündeme geldi. Dursun Çiçek'in imzaladığı ileri sürülen belge Adalet ve Kalkınma Partisi ile Gülen hareketine yönelik "komplo ve yıpratma planları" içermekteydi. Haberden birkaç gün sonra Genelkurmay yaptığı basın açıklamasında "konunun ciddi görülmesi üzerine, aynı gün derhal Genelkurmay Askeri Savcılığına konunun bütün boyutlarıyla soruşturulması emri verildiğini ve belgenin Genelkurmay Başkanlığı'nın herhangi bir biriminde hazırlandığına ilişkin bir kanaate ulaşamadığını" duyurdu.
24 Haziran 2009 günü; yaptığı incelemenin ardından kararında, söz konusu belgenin Genelkurmay'da hazırlanmadığını ve imzanın Albay Çiçek'e ait olup olmadığının tespit edilemediğini belirterek takipsizlik kararı veren askerî savcılık, belgenin kaynağının kim olduğunun belirlenmesi konusunda görevsizlik kararı vererek dosyayı İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığına gönderdi. Askerî savcılığın kararının ardından Genelkurmay Başkanı İlker Başbuğ düzenlediği basın toplantısında "Bugün biz bu kâğıt parçasının birileri tarafından TSK'yı yıpratma ve karalama amacıyla hazırlandığını değerlendirmekteyiz." açıklamasını yaptı. 30 Haziran 2009 günü Ergenekon soruşturması savcıları tarafından sorgulanan Dursun Çiçek, İstanbul 14. Ağır Ceza Mahkemesinin kararıyla tutuklanarak Hasdal Cezaevine kondu. Albay Dursun Çiçek avukatı tutuklama kararına itiraz etti.14. Ağır Ceza Mahkemesi bu defa 2'ye 1 oy çokluğuyla Albay Çiçek’in ‘İkametgahına göre kaçma şüphesi yok’ gerekçesiyle tahliyesine karar verdi. Böylece Deniz Kurmay Albay Dursun Çiçek'in 18 saat süren tutukluluk hali sona erdi. Soruşturma sürerken, Dursun Çiçek; bulunduğu görevden alınarak Genelkurmay Ana Karargâh binası dışında bulunan Terörle Mücadele Mükemmeliyet Merkezi Akademik Kurulu'nda geçici olarak görevlendirildi. 4 Eylül 2009'da Deniz Kuvvetleri Komutanlığı Karargâhına atandı.
2009 Ekim ayında Genelkurmay Karargahı'nda çalıştığı belirtilen bir subay tarafından eylem planının ıslak imzalı orijinali olduğu söylenen belge bir ihbar mektubuyla beraber soruşturmayı yürüten savcılara gönderildi. Söz konusu belge Adli Tıp Kurumu Fizik İhtisas Dairesi Adli Belge İnceleme Şubesi'nde görevli biri profesör ve ikisi uzman doktor olan üzere üç adli tıp uzmanı tarafından incelendi. Adli Tıp raporunda "belgelerdeki söz konusu imzanın Dursun Çiçek’in el ürünü olduğunun kabulü gerektiği" ifadesine yer verildi. Bunun ardından Albay Dursun Çiçek, Ergenekon savcıları tarafından 5 saat kadar sorgulandıktan sonra mahkemeye sevkedilmiş ve 11 Kasım 2009 tarihinde ikinci kez tutuklanarak cezaevine gönderilmiştir. Dursun Çiçek,, avukatları tarafından tutuklama kararına yapılan itirazın kabul edilmesi üzerine ikinci kez tutuklandıktan 44 saat sonra tekrar tahliye edildi.
Daha önce üç adli tıp uzmanı tarafından incelenen belge Dursun Çiçek’in, talebi üzerine üst kurula gönderildi. Adli Tıp Genel Kurulu, 5 Şubat 2010 günü 4'e karşı 7 oyla imzanın Dursun Çiçek'e ait olduğuna karar verdi
Dursun Çiçek'in ikinci kez ifade vermesinin ardından Genelkurmay, askeri savcılığın ıslak imzalı belgeyi 4 kez istemesine rağmen İstanbul Cumhuriyet Savcılığı'nın belgeyi göndermediğini açıkladı. Orijinal belge Genelkurmay Askeri Başsavcılığı'na 2010 Şubat ayında gönderildi.
1 Mart 2010 tarihinde Genelkurmay Başkanlığı, belgenin gerçek olduğunu doğrulayacak yeni delillerin elde edildiğini duyurdu. Yapılan basın açıklamasında askerî savcılık tarafından Dursun Çiçek'in tutuklamasının talep edildiği fakat askerî mahkemenin talebi reddetiği belirtildi. Jandarma Kriminal Dairesi de imzanın Dursun Çiçek'in elinin ürünü olduğuna dair bir tespitte bulundu.
Dursun Çiçek, hakkında düzenlenen "Ergenekon iddianamesi" İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 29 Nisan 2010 günü kabul edildi. İddianamede "Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etmek" ile suçlanan albay Çiçek için ağırlaştırılmış müebbet hapis cezası istendi Aynı gün İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından hakkında yakalama kararı çıkarılan Çiçek, ertesi gün İstanbul Adliyesine gelerek teslim oldu ve üçüncü kez tutuklandı. 21 Eylül 2012'de sona eren Balyoz davasında 16 yıl hapis cezası aldı.