İstanbul - Fenerbahçe, kuruluşunun 100. yılını kutladığı 2006-2007 sezonunda ilk hüsranı, Avrupa Şampiyonlar Ligi'ne giremeyerek yaşadı. Ligin 3. ön eleme turunda Ukrayna'nın Dinamo Kiev takımına elenerek "Devler Ligi" planları suya düşen sarı-lacivertliler, Avrupa kupaları mücadelesini UEFA Kupası'nda sürdürecek.
Daha önce 4 kez Avrupa Şampiyonlar Ligi'nde mücadele eden Fenerbahçe, 5. kez lige katılma hedefini gerçekleştiremedi. 2. ön eleme turunda Faroe Adaları'nın B36 Torshavn takımını 2 maçta toplam 9 gol atarak eleyen sarı-lacivertliler, 3. ön eleme turundaki güçlü Dinamo Kiev karşısında düş kırıklığı yaşattı.
Fenerbahçe, tarihinde 2. kez, 3. ön eleme turunda elenerek ligin kapısından döndü. Daha önce 2002-2003 sezonunda 3. ön eleme turunda Hollanda'nın Feyenoord
takımıyla eşleşen sarı-lacivertliler, 1-0 ve 2-0'lık skorlarla rakibine yenilerek turu geçemedi. Fenerbahçe, Avrupa kupalarında katıldığı 8. ön eleme turunda 2. kez turu
geçemedi.