Muğla Çevre ve Şehircilik İl Müdürlüğü ekipleri Muğla’nın tüm su kaynaklarında su kalitesi ölçümlerini sürdürüyor. Çevre ve Şehircilik Bakanlığı Tabiat Varlıkları Koruma Genel Müdürlüğü sorumluluk alanında yer alan Datça-Bozburun, Fethiye-Göcek, Köyceğiz-Dalyan, Gökova Özel Çevre Koruma Bölgelerindeki önemli akarsu, göl ve deniz alanlarında fiziksel, kimyasal ve biyolojik parametrelerin izlenerek sürekli bir veri akışının sağlanması, doğal kaynakların kirlenmesinin ve tahribinin önlenmesi amaçlanıyor.Su kalitesi incelemelerinde, Özel Çevre Koruma bölgelerinde işletilmekte olan atıksu arıtma tesislerinin verimliliklerinin izlenerek varsa sorunların tespit edilmesi ve gereken önlemlerin alınması amaçlanıyor.2015 yılında Çevre ve Şehircilik Bakanlığı Tabiat Varlıklarını Koruma Genel Müdürlüğünce Muğla’daki Özel Çevre Koruma Bölgelerinde 52 noktada denizel alanda, 32 noktada akarsu ve drenaj kanalları, 6 noktada Göl alanı, 4 noktada yer altı suyu, 20 noktada arıtma tesisi olmak üzere toplam 114 noktada su kalitesi izleme çalışmaları yürütüldüğü açıklandı.