El yazmaları ve hat levhalar salonunun orta kısmında Hz. Muhammed'e ilk indirilen sure olan ve "Yaratan Rabbi'nin adıyla oku" ayetiyle başlayan Alak Suresi'nin harf dizilimi, açık duran Kur'an-ı Kerim'in üzerine göklerden iniyormuş gibi yerleştirildi, hat levhalarda İslam sanatının ulaşmış olduğu nokta gösterildi.
On ayrı salonda on ayrı kurguyla tasarlanan müzenin giriş bölümünde Mustafa Kemal Atatürk'ün Anıtkabir'e nakledilmeden önce naaşının bekletildiği mozolede film, fotoğraf, animasyon ve seslendirmelerle sanatsal ve dijital bir anlatım yapıldı.
Ahşap eserler salonunda yaklaşık 700 yıllık geçmişi ile tarihe ışık tutan mihrap ve minberler, Hacı Bayram Veli Camisi kapı kanatları, Hacı Bayram Veli'nin hırkası ve tasavvuf dervişlerinin kullandığı bazı eşyalar gün yüzüne çıkarıldı.