İzmir Körfezi, 2000’li yıllara kadar her türlü atığın boşaltıldığı bir yer iken, yapılan çevre yatırımlarıyla temizlenme sürecine girdi. Deniz altındaki yaşamı tespit amacıyla çekilen su altı fotoğrafları, Körfez’deki çarpıcı iyileşmeyi gözler önüne serdi. İç körfezde çözülmüş oksijen seviyesinin yükselmesi ile birlikte canlı türü sayılarında da ciddi artış gözlendi. Körfez’in eski gözdeleri barbun, karagöz, kupez ve karidesler çoğaldı. Deniz yıldızları, deniz tavşanları, süngerler ve deniz çayırları ile mercanlar ve anemonlar, oksijen miktarı artan deniz dibinde rengarenk bir görüntü oluşturuyor.
Büyük çevre yatırımları sonrasında İzmir Körfezi’nde yaşanan değişimi Dokuz Eylül Üniversitesi Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Enstitüsü’nün bilimsel çalışmalarıyla yakından takip eden İzmir Büyükşehir Belediyesi yönetimi, gelen son raporlar ve çekilen su altı fotoğraflarıyla büyük moral buldu. 2012 raporu, Körfez’deki iyileşmeyi net bir şekilde gözler önüne serdi.
DEÜ tarafından gerçekleştirilen 'Büyük Kanal Projesi'nin İzmir Körfezi Denizel Ortamında Fiziksel, Kimyasal, Biyolojik ve Mikrobiyolojik Etki ve Sonuçlarının İzlenmesi' başlıklı çalışma kapsamında hazırlanan 2012 yılı raporunda, Körfez’in su kalitesinde büyük bir iyileşme yaşandığı ve buna bağlı olarak da denizdeki biyolojik çeşitliliğin ve popülasyonun giderek arttığı açıklandı. Üniversite tarafından deniz altındaki yaşamı tespit etmek amacıyla Urla İskele, Narlıdere Güneybatı Atık Su Arıtma Tesisi, İnciraltı Sahilevleri, Konak ve Bostanlı iskeleleri olmak üzere, 5 ayrı bölgede dört mevsim çekilen su altı fotoğraflarında, bol oksijenli sularda yaşayabilen deniz atları ve deniz çayırları, temiz suları yaşam alanı olarak seçen deniz yıldızları, deniz şakayıkları ve deniz tavşanları ile temiz sularda yaşayan ve Türkiye’de sadece Urla’da görülen taş mercanları tespit edildi. Raporda, 2000 yılında Çiğli, 2002 yılında Güneybatı ve 2008 yılında Urla ileri biyolojik atık su arıtma tesislerinin devreye alınmasıyla başlayan deniz suyundaki iyileşme sürecinin, Körfez’i terk eden canlıların yeniden yaşam bulmaya başlamasında etkili olduğu vurgulandı.
İzmir Büyükşehir Belediyesi, ilçe ve beldelere kurduğu biyolojik arıtma tesisleri ile Gediz, Nif ve Küçük Menderes havzalarını kirlilikten kurtardı. İzmir Yüksek Teknoloji, Urla, Ayrancılar-Yazıbaşı, Torbalı, Bayındır, Menemen, Seferihisar, Kemalpaşa ve Aliağa arıtmaları işletime alındı. 892 bin 500 kişinin evsel atığını arıtacak kapasitede olan bu arıtmaların yatırım maliyeti yaklaşık 50 milyon lira oldu. Özdere ve Ürkmez ileri biyolojik atık su arıtma tesisleri tamamlandı. Bu iki tesis de kısa sürede hizmete girecek. Çiğli Atıksu Arıtma Tesisi’nin kapasitesini yüzde 35 oranında artıracak 4. fazın yapımına başlanacak.
İzmir Büyükşehir Belediyesi, ayrıca, yine Çiğli Atık Su Arıtma Tesisi alanı içinde Türkiye’nin en önemli çevre yatırımına imza atacak. 60 milyon liralık yatırımla Çiğli Atıksu Arıtma Tesisi içinde Çamur Çürütme ve Kurutma Tesisi inşaatına başlandı. Giderek sığlaşan ve deniz alanlarının azaldığı gözlenen İzmir Körfezi’nin kurtarılması için 'Büyük Körfez Projesi' başlatıldı. İzmir Körfezi’ne akan dere ağızlarının temizlenmesi, Körfez’in kuzeyinde bir sirkülasyon kanalı açılması ve Körfez tabanındaki malzemelerin temizlenmesi için 9.3 milyon liralık yatırımla kazıcı-emici ve destek tipi olmak üzere 2 yeni gemi alımı yapıldı.