Rodos Seferi sırasında kullanılan ve ikinci projede restorasyondan çıkartılan taş köprüde ise ilk proje aşamasında hatalar yapıldığı da tespit edildi. Köprünün üç kemerinden birinin de restorasyon sırasında yıkıldığı belirlendi. Restorasyonun tamamlanmasının ardından yüklenici firma, Yatağan Belediyesi'nden ihale bedeli olan 1 milyon 258 bin 331 liranın ödenmesini istedi. Bunun üzerine Belediye, Valilik'ten hakedişin yatırılmasını talep etti. Ancak Valilik, restorasyonun aslına uygun olarak tamamlanmadığını ileri sürüp, Taşınmaz Kültür Varlıklarının Korunmasına Ait Katkı Payına Dair Yönetmelik hükümleri gereği, söz konusu ihale bedelinin sadece yüzde 36.65'lik bölümünü ödedi. Bunun üzerine parasının tamamını alamayan yüklenici firma Yatağan Belediyesi hakkında hukuk mücadelesi başlattı. Muğla Valiliği Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanı Vali Yardımcısı Fethi Özdemir, konuyla ilgili DHA muhabirine yaptığı açıklamada, kendilerinin mevzuat doğrultusunda yapmış oldukları finansal desteğin dışında restorasyon çalışmasıyla ilgili herhangi bir dahilleri bulunmadığını belirtip, projenin tamamen Yatağan Belediyesi tarafından yürütüldüğünü savundu.
Kanuni Sultan Süleyman'ın 1522 yılındaki Rodos seferi sırasında Yatağan'ın Bozüyük Mahallesi'nde yaptırdığı, defineciler tarafından talan edilen mescit, han ve köprünün, bölge turizmine kazandırılması için 2014 yılında çalışma başlatıldı. Muğla Valiliği Yatırım İzleme ve Koordinasyon Başkanlığı'nın (YİKOB) mali desteğiyle mescit, han ve köprünün restorasyon işi için 26 Kasım 2014 tarihinde 15 firmanın katılımıyla ihale yapıldı. İhaleyi alan firma ile Yatağan Belediyesi arasında yer teslimi sözleşmesi imzalandı. Ardından restorasyon çalışmalarına başlandı. Ancak restorasyon çalışmaları, 2015 yılında proje ile yapım aşamasında ortaya çıkan farklılıklar nedeniyle durduruldu. Daha sonra Yatağan Belediyesi yeni bir proje hazırladı ve proje Muğla Koruma Bölge Kurulu tarafından onaylandı. Başlangıçta hazırlanan projede restorasyonu yapılacak hanın üzerinin kapalı olması planlanırken, yeni hazırlanan projede açık olması dikkat çekti. Ayrıca hazırlanan projede köprünün restorasyonu da ikinci projeden çıkartıldı. İkinci projede belirtilen şekilde mescit ve hanın restorasyonu tamamlandı. Ancak mescit ve hanın aslına uygun olarak restore edilmediği ortaya çıktı. Taş motifli kubbenin sıvandığı, pencere ve kapıların doğramalarının döneminden çok uzak metalden yapıldığı, çevrelerine taş sütunlar yerine traverten taş kullanıldığı ve ayrıca restorasyon sırasında kullanılan bazı malzemeler nedeniyle mescidin su akıttığı görüldü. Handa da benzer yanlışların yapıldığı tespit edildi.