Kuşçubaşı Eşref sürgündeyken bulunduğu zindandan kaçtı ve II. Abdülhamid'in başyaverinin oğlunu üç tabur korumanın arasından kaçırmayı başardı. Arabistan'da II. Abdülhamid'e karşı olarak başlattığı isyan hareketi esnasında bütün Arabistan'ı dolaştı, yerel şeyhlerle ilişki kurdu. Her yerde bulunduğundan dolayı kendisine şeyhi't tuyyur (uçanların efendisi) diye hitap edildi. II. Abdülhamid meşrutiyeti ilan etmek zorunda bırakılıp, içlerinde Kuşçubaşı'nın da olduğu pek çok kişiye af çıkarmasıyla beraber isyanını bitirdi. İsyan esnadında çevresine topladığı kendisine bağlı silah arkadaşları ile birlikte, kurulan Teşkilat-ı Mahsusa adlı istihbarat örgütüne katıldı. 1911'de Trablusgarp'ta Enver Bey ile birlikte direniş hareketlerini örgütledi. 1912'de İkinci Balkan Savaşı esnasında Enver Bey, kardeşi Sami Kuşçubaşı, Cihangiroğlu İbrahim ve Süleyman Askeri ile birlikte Çorlu, Tekirdağ, Malkara, Hayrabolu ve Edirne'nin kurtarılmasında görev yaptı. Aynı sene Süleyman Askeri ve yörenin ileri gelenleri ile birlikte Batı Trakya'da, Batı Trakya Bağımsız Hükûmeti ismiyle ilk Türk Cumhuriyeti'nin kurulmasında rol oynadı.
Ubıh asıllı Türk istihbaratçı ve savaşçı olan Kuşçubaşı Eşref 81 yaşında hayata gözlerini yumdu. Abdülaziz Çerkes Mustafa Nuri Bey'in oğlu olan Eşref Sencer Kuşçubaşı (Kuşçubaşı Eşref) Harp okulunda son sınıftayken Jön Türkler'le ilişkisi sebebiyle II. Abdülhamid tarafından Hicaz'a sürgün gönderildi.