1 Mayıs 1566'da, yaklaşık 13 yıl aradan sonra, 73 yaşında 13. seferine çıktı. 27 Haziran'da Belgrad'a varan ve burada Sigismund Zapolya'nın kuvvetlerinin de katıldığı Osmanlı Ordusu, 2 Ağustos'ta Zigetvar'a vardı. Süleyman ise kuşatma yerine 5 Ağustos'ta varmış ve kuşatmanın görülebileceği bir tepede yer alan çadırına yerleşmişti. 7 Eylül 1566 gecesi, Zigetvar'ın alınmasından bir gün önce, kaynaklara göre nikris, dizanteri, felç veya anjin sebebiyle 71 yaşında vefat etti. Süleyman'ın ölümü 48 gün boyunca, 21 Ekim günü ordunun Zigetvar'dan ayrılışına kadar saklandı. Cenazesi, 28 Kasım'da Şeyhülislam Mehmet Ebussuud Efendi'nin kıldırdığı namazın ardından Süleymaniye Camii'nde toprağa verildi.