Sultan 2’nci Selim zamanında Ali Paşa tarafından 1572 yılında yaptırılan caminin restorasyon çalışmaları sırasında yağlı boya ile kaplı ahşap mahfilin üzerinden 16’ncı yüzyıldan kalma ahşap üstü kalem işlemesi eser ortaya çıkarıldı.Tokat’ta 16’ncı yüzyıl Osmanlı cami mimarisinin özelliklerini taşıyan 445 yıllık Ali Paşa Cami’nde restorasyon çalışmaları yaklaşık 3 aydır devam ediyor. Vakıflar Bölge Müdürlüğü tarafından ihale edilerek yapılan restorasyon çalışmalarında boya ile üzeri kapatılan eserler gün ışığına çıkarılmaya başladı. Camide kadınların namaz kılması için tasarlanan mahfil bölümünde yapılan restorasyon çalışmalarında yağlı boya ile kaplı olan ahşap korkulukların altından kalem işlemesi desenler ortaya çıkarıldı. Vakıflar Tokat Bölge Müdürü Yılmaz Kılınç, 5 kat yağlı boya altından 16’ncı yüzyıldan kalma ahşap üstü kalem işlemesi süslerin ortaya çıkarılmasının heyecan verici olduğunu söyledi. Koruma kurulunun camide inceleme yaptığını ifade eden Müdür Kılınç, alınacak olan izinle birlikte kalem işi süslemelerin canlandırılması çalışması yapacaklarını belirterek, "Şu anki nesil bu süslemeleri bilmiyor. İnşallah camimiz ibadete açıldığında 16 yüzyıldan kalma çiçek motifi süslemelerimiz gün yüzüne çıkarılmış olacak. 1939 ve 1943 yıllarında depremden sonra yapılan restorasyon çalışmalarında mahfilin yağlı boya ile boyandığı tahmin ediliyor. 5 kat boya kazındığında bu motifler ortaya çıktı. Bu herkese olduğu gibi bizlere de sürpriz oldu. Restorasyon çalışmalarında bir şeylerin çıkabileceğini tahmin ediyorduk ama bu kadar güzel ve özgün bir süslemenin çıkacağını tahmin edememiştik" dedi.Öte yandan, ibadete kapatılan caminin eskiyen kurşun kaplama kubbeleri başta olmak üzere iç ve dış cephesinde restorasyon çalışmaları devam ediyor. Caminin uzun yıllar kirlenen iç ve dış cephe duvarları ise özel bir temizleme tekniği olan mikro kumlama yöntemiyle temizlendi.