Futbol yaşantısına Giresun Yeniyolspor'da başlayan ve Trabzonspor'un altyapısından yetişen milli futbolcu Gökdeniz Karadeniz, Bordo-mavili kulüpte geçirdiği 10 yılı Rusya'nın Rubin Kazan takımına transfer olarak noktaladı.
Futbola Giresun Yenilyolspor'da başlayan ve Trabzonspor altyapısında yetişen yıldız futbolcu, 1997 sezonunda A takıma yükseldi. Savunmanın sağında görev almaya başlayan Gökdeniz Karadeniz, 1998-99 sezonunda pek forma şansı bulamadı. 1999-2000 sezonunun 18. haftasında oynanan ve Trabzonspor'un Adanaspor'a 1-0 mağlup olduğu maçın 69. dakikasında sahaya Mehmet İpek'in yerine giren yıldız oyuncu, o günden beri aldığı formayı bir daha bırakmadı.
Trabzonspor forması altında Turkcell Süper Lig, Fortis Türkiye Kupası ve Avrupa kupalarında toplam 290 kez forma giydi. Ligde 244, kupada 30 ve Avrupa'da 16 kez Bordo-mavili formayı giyen milli oyuncu, söz konusu maçlarda 82 gol attı. Gökdeniz, bu maçlarda 24 bin 771 dakika sahada kalma başarısı gösterdi. Bordo-mavili forma altında gün geçtikçe oynadığı futbolla göz dolduran ve yıldızlaşan Gökdeniz, 2003 yılında A Milli Takım'ın Çek Cumhuriyeti ile oynadığı özel maçın kadrosuna davet edildi. Bu dönemden sonra da A Milli Takım'ın değişmez oyuncularından biri oldu. Gökdeniz, milli forma altında 6 gol atarken; özel ve resmi olmak üzere toplam 47 kez A Milli Takım forması giydi.
2005-2006 sezonunda ise oyuncunun yaşadığı bahis olayı futboldan uzaklaşmasına neden oldu. 6 ay ceza alan Gökdeniz Karadeniz, söz konusu dönemde 15 maçta forma giydi. Hatalarından ders alan yıldız oyuncu, kendini yeniden futbola verdi.
Bu sezon Trabzonspor iyi bir yıl geçirmemesine rağmen yıldız oyuncu, gösterdiği performans ile zaman zaman takımını sırtlayan isim oldu.
Gökdeniz yaşadığı bahis olayı nedene ile bir çok sıkıntı ile karşı karşıya kalırken, Trabzon'da ise korumalarla gezmek zorunda kaldı. Bordo-mavili kulüpte 10 yılını dolduran milli oyuncu, söz konusu dönemler içinde Avrupa'nın bir çok takımından transfer teklifini almasına rağmen görevde bulunan yönetimler tarafından oyuncunun gidişine izin verilmemişti. Son olarak milli oyuncu için kıyasıya bir rekabetin içine giren Rus takımlarından Rubin Kazan takımına transfer olarak Trabzonspor'da futbol serüvenine son noktayı koydu. Milli oyuncu, Rus ekibine 8 milyon 700 bin Euro karşılığından transfer olarak rekor kırdı. Gökdeniz, Trabzonspor forması altında en son maçını Konyaspor ile oynarken, söz konusu maçta kırmızı kart görerek oyun dışında kalmıştı.
Trabzonspor'un yıldız oyuncusu Gökdeniz Karadeniz'in, Bordo-mavili forma altındaki performansı şöyle:
"1999-2000 sezonu; 10 maç, 598 dakika
2000-2001 sezonu; 33 maç, 2958 dakika, 5 gol
2001-2002 sezonu; 33 maç, 2970 dakika, 4 gol
2002-2003 sezonu; 31 maç, 2478 dakika, 4 gol
2003-2004 sezonu; 33 maç, 2944 dakika, 14 gol
2004-2005 sezonu; 32 maç, 2793 dakika, 12 gol
2005-2006 sezonu; 15 maç, 1221 dakika, 6 gol
2006-2007 sezonu; 32 maç, 2927 dakika, 8 gol
2007-2008 sezonu; 24 maç, 2102 dakika, 11 gol
Fortis Türkiye Kupası; 30 maç, 2340 dakika, 14 gol
Avrupa Kupaları; 16 maç, 1440 dakika, 4 gol