İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığı tarafından hazırlanan “Balyoz” darbe planı iddianamesinde hakkında takipsizlik kararı verilen Hava Pilot Tümgeneral Bertan Nogaylaroğlu, Gölcük Donanma Komutanlığı'nda yapılan aramalarda çıkan hakkındaki yeni iddialar üzerine ordudan istifa etti.
2009 yılında tümgeneralliğe terfi eden ve 3 yıl daha görev süresi bulunan Bertan Nogaylaroğlu, Genelkurmay Başkanlığı'nda önemli bir makam olan Dış İlişkiler ve Güvenlik İşleri Daire Başkanlığı'nı yürütüyordu.
Donanma Komutanlığı'ndaki aramada ortaya çıkan belgelerde Bertan Nogaylaroğlu'nun ismine imzaya açılmış "komutana karşı yapılacak psikolojik harekat ve komutana destek verebilecek personele uygulanacak usuller" başlıklı bir yazı bulunduğu ileri sürülüyor.