Araç sahipleri ve sürücüleri Hızlı Geçiş Sistemi için tanımlanan mevcut kartlarına bakiye yükleme ya da kart sahibi olmak için başvuru işlemlerini PTT şubelerinden yapabilmektedirler. İnternet üzerinden de yapılabilen bu işlem e-Devlet hesabı ya da PTT ve anlaşmalı bankaların internet sayfaları üzerinden gerçekleştirilebilmektedir. Kaçak geçiş yapan ve kural ihlalinde bulunan sürücüler, HGS sahibi değillerse ya da kartlarında yeterince bakiye yoksa zamanında ödeme yapılmadığı takdirde önceden belirlenmiş oranlara göre cezaya tabi tutulmaktadırlar.
Hızlı Geçiş Sistemi kartı alabilmek için Karayolları Genel Müdürlüğü tarafından onaylanan tüm kurumlara başvuru yapılabilmektedir. Araç sürücüleri PTT şubelerinden, karayolları giriş ve çıkış alanlarında bulunan satış noktaları aracılığı ile HGS kartına sahip olabilmektedirler. PTT şubeleri ve internet sayfası dışında HGS başvurusu yapmak isteyen sürücüler HGS'yi ücretsiz veren bankalar aracılığı ile de işlem yapabilmektedirler.
HGS başvuru için ruhsat ve kimlik beyan edilmelidir. Kişi için ya da kurum için yapılacak başvuru işlemleri farklılık göstermektedir. Kurum için yapılacak HGS başvurularında kuruma ait temsil belgesi teslim edilmelidir. Bakiye sorgulama işlemleri ise e-Devlet üzerinden ya da PTT çağrı merkezi aranarak yapılabilmektedir. Hızlı Geçil Sistemi için bakiye yükleme işlemi belirlenen noktalardan da yapılabilmektedir. PTT şubelerinin yanı sıra anlaşmalı olan ve bakiye yükleme yetkisi bulunan bayiliklerden ve ödeme merkezlerinden işlem gerçekleştirilebilmektedir.
Tüm Hızlı Geçiş Sistemi başvuru ve bakiye yükleme işlemleri anlaşmalı bankalar aracılığı ile de yapılabilmektedir. Ülkemizde bu işlemin yapılabileceği HGS anlaşmalı bankalardan bazıları şunlardır:
Anlaşmalı olan ve ödeme alma, bakiye yükleme yetkisi bulunan bu bankalar aracılığı ile hem bu bankaların internet siteleri üzerinden ya da mobil uygulamalarından hem de şahsen şubelerine giderek yükleme ve ödeme yapabilmek mümkündür. Yalnızca bakiye yükleme ya da ödeme yapma değil yeni HGS kartı almak için de bu bankalar kullanılabilmektedir.