Hızlı Geçiş Sistemi (HGS) kapsamında kullanılan HGS kartlarına bakiye yükleyebilmek ya da HGS kartı başvurusu yapabilmek için ilgili finansal kuruluşlar ya da PTT şubeleri kullanılmaktadır. Bakiye ya da borç sorgulamak içinse birden fazla seçenek bulunmaktadır. Borç ve bakiye sorgulaması e-devlet hesabı üzerinden yapılabileceği gibi Karayolları Genel Müdürlüğü’nün resmi internet sitesinden de yapılabilmektedir. Herhangi bir ceza uygulamasına tabi tutulmamak için borçların on beş iş günü içinde ödenmesi gerekir. Sürücülerin ya da araç sahiplerinin on beş iş günü içinde mevcut borçlarını ödememeleri hâlinde geçiş yaptıkları mesafe için belirlenen tutarın on bir katı kadar ödeme yapmaları beklenmektedir. Uygulanacak ceza oranı ihlale göre değişkenlik göstermektedir.
Cezaya düşmüş olan bir HGS ödemesi herhangi bir ödeme noktasından yapılabilir. Ceza tutarının sorgulaması e-Devlet üzerinden ya da PTT şubelerinden yapılabilmektedir. 2023 yılının ocak ayında açıklanan resmi bilgiye göre cezalarda bazı koşullara bağlı olarak indirim ve af uygulanacağı bildirilmiştir. HGS borç yapılandırma işlemi için sürücülerin ihlal ettiği duruma göre farklı şekilde uygulanmaktadır. Kaçak geçiş yapan bir sürücü ya da araç sahibi iki haftalık bir süre içinde Hızlı Geçiş Sistemi kartına yükleme yapmalıdır.
Sürücülerin ya da araç sahiplerinin HGS geçiş cezası borç yapılandırma işlemi için öncelikle sorgulama yapması gerekmektedir. Kaçak geçiş, borç ya da ceza sorgulaması e devlet hesabından, Karayolları Genel Müdürlüğü Geçiş İhlal Sorgulama sayfasından ya da PTT şubelerinden yapılabilir.
2023 yılının Ocak ayında yapılan resmî açıklamaya göre HGS ceza affı kapsamında 2022 Aralık ayından önceki borçlar belli koşullar dâhilinde silineceği açıklanmıştır. Ciddi sürücülük ihlalleri, alkollü araç kullanımı, ölüme ya da yaralamaya sebep olan kazalara sebebiyet verme durumları dışındaki ihlallerin ceza puanlarının silineceği belirtilmiştir. Açıklanan af doğrultusunda öngörülemez aksilikler nedeniyle ceza puanına tabi tutulan araç sahiplerinin ve sürücülerin yaşadıkları mağduriyetlerin ortadan kaldırılması hedeflenmiştir. Vatandaşların Hızlı Geçiş Sistemi dâhilinde tabi tutuldukları cezalara resmi olarak itiraz etme hakları da bulunmaktadır.