Bağırsakta kolonoskopi, sanal kolonoskopi, sigmoidoskopi, kapsül endoskopisi, vb. tetkikler ile herhangi bir hastalık bulunamaması durumunda, hastanın yakınmalarına dayanarak konulan klinik bir tanıdır.
İBS veya huzursuz bağırsak sendromu yakınmaları, sinir sistemi ile bağırsak kasları veya beyin ile bağırsak arasındaki ileti kusuru sonucunda gelişir. Özellikle, kalın bağırsaktaki düşük dalga türündeki hareketlerde ve ince bağırsakta gıdaların iletiminde kusur gelişir. Bu düzensiz yönetim, bağırsak düz kasında aşırı bir hassasiyet veya huzursuzluk yaratır. Bağırsaklar ağrıyı çok daha yoğun bir şekilde algılar (viseral hiperaljezi) duruma gelirler. Bağırsak duvarındaki kaslar aşırı güçlü veya çok zayıf ve yavaş bir şekilde kasılabilirler. Gerçek anlamda bir tıkanıklık bulunmamasına rağmen, hastada şiddetli karın krampları ve fonksiyonel bir tıkanıklık tablosu oluşur.
Bu durum uzun dönemde hastanın psikolojik durumunu da olumsuz yönde etkiler. Bazı İBS olgularında aynı anda reflü hastalığı bulguları da mevcut olabilir.