Bu tür rahatsızlıklarda; psikolojik, ruhsal, sosyal ve çevresel faktörler etkili olmaktadır. Beyin-bağırsak hattında sinir sistemi, bağışıklık sistemi ve hormonlar etkili olmaktadır.
Bireyin olaylar karşısındaki duygusal yanıtı; nefes hızını, tansiyonunu, vücut salgılarını, hormonlarını ve kas hareketlerini etkilemektedir. Kaygı bozukluğu (vesvese, anksiete) veya depresyon sorunu olan hastalarda beynin uyarılması ile sinirler, bağışıklık sistemi ve somatostatin (SMS) ile vazoaktif intestinal peptid (VİP), triptofan, serotonin (mutluluk hormonu), GABA, kortizol, dopamin gibi kimyasal maddeler ve hormonlar harekete geçmekte ve bağırsaktan su, tuzlar ve kimyasalların emilimi ile mikropların dengesi değişmektedir.
Bağırsakta yer alan mikroplar, bu durumdan ciddi şekilde etkilenmektedir. Bu mikroplar gıdaların emilimi ve K vitamini, folat ile kısa zincirli yağ asitlerinin üretiminde etkili olmaktadır. Bu değişikliklerin sonucunda da: kabızlık, ishal ve karın ağrısı gibi belirtiler ortaya çıkmaktadır. Aynı şekilde, bağırsakta yer alan mikroplardaki değişiklikler, beyin- bağırsak hattı üzerinden psikolojik sorunlara neden olabilmektedir.