2005-2006 sezonunda deplasmanda Konyaspor karşısında profesyonel kariyerindeki ilk maça çıkan Aydın Yılmaz, karşılaşmanın 84. dakikada Hasan Şaş’ın yerine oyuna dahil oldu. Aydın’ın 90+2. dakikada attığı golle takımının 1-0 galip ayrılmasını sağladı ve Galatasaray’ın şampiyonluğa ulaştığı sezonda önemli bir galibiyet getirmiş oldu.
Aydın, Galatasaray’da 99 Süper Lig, 25 Türkiye Kupası, 16 Avrupa kupaları ve 2 de TFF Süper Kupa maçı olmak üzere toplam 142 resmi müsabakada oynadı, Manisa, Başakşehir ve Eskişehir’a kiralandı.