Ergenekon iddianamesinin en çok tartışılacak bölümlerinden biri de Çiller Hükümeti sırasında görevli olan iki 'Mehmet'le ilgili bölüm. Sinan Aygün'ün bilgisayarında ele geçirildiği belirtilen kayıtlara göre, iki Mehmet'in yönlendirmesiyle Türkiye, uyuşturucu parasıyla dönemin ekonomik krizini atlattı. Yine iddiaya göre Susurluk kazasının arkasında da bu isimler var.
Sinan Aygün'e ait olduğu iddia edilen dökümanda 1994 yılında yaşanan ekonomik krizin Afganistan ve İran eroininden gelen parayla atlatıldığı öne sürülüyor.
Eroinin Türkiye'den geçişiyle en az 20 milyar doların ülkeye girdiği ve buradan kalan paranın dış kaynağa ihtiyaç duyulmadan krizin finansmanını sağlayacağına dair "Mehmet ....'ın" Tansu Çiler'e yaptığı telkin sonucunda dalganın 10 gün gibi kısa sürede önlendiği belirtiliyor.
Bu işte piyon olarak Mehmet ……. tarafından Ömer Lütfi Topal'ın kullanıldığı da iddialar arasında. Ömer Lütfi Topal'ın da bu bağlantıları ortağı olan Sami Hoştan vasıtası ile sağladığını ve Sami Hoştan'ın da Jandarmada JİTEM'i kuran MHP sempatizanı, kafasına eseni yapan, Kocaeli Alay Komutanı Veli KÜÇÜK'ün adamı olduğunu kaydediliyor.
Aygün'ün bilgisayarından ele geçirildiği belirtilen belgede, "Veli Küçük ile Mehmet ……..'ün arasının gayet iyi olduğu, bu ekibin Sami Hoştan'ı kullanarak Sedat Bucak ve Abdullah Çatlı'nın öldürülmesi için düğmeye bastıkları, Mehmet …….'ün Veli KÜÇÜK ile teşkilat dışı eylemler yaptığı için MİT Kontur Terör Daire Başkanı iken ABD' ye gönderildiği, Susurluk Kazasının arkasında da bu isimlerin olduğu" ifadeleri de yer alıyor.