İltihabi bağırsak hastalıkları: Crohn hastalığı ve ülseratif kolit gibi hastalıkların tanısının konulması, tedavilerinin planlanması ve sonraki dönemlerde düzenli takiplerinin yapılabilmesi açısından kolonoskopi tetkiki büyük önem taşır. Bu hastalıklarda zaman içinde kanama, darlık, delinme, apse, bağırsak fistülü, kanserleşme gibi komplikasyonlara rastlanabildiğinden kolonoskopi ile düzenli aralıklarla takip edilmektedirler.
Damar sorunları: Kolonoskopi; bağırsak anjiodisplazisi, AV malformasyon, iskemik kolit vb. damar sorunlarının tanısı, kanamalarının durdurulmasına olanak sağlar.
Diğer hastalıklar: bağırsak divertikülü, bağırsak lipomları, bağırsak lenfoması, karsinoid tümör, gastrointestinal stromal tümör
Kanamaların durdurulması: alt sindirim sistemi kanamalarında kolonoskopi ile iğne ile ilaç verilebilir (sklteroterapi), elektrik akımı (koter), yada lazer ile yakılabilir veya endoskopik klip yerleştirilebilir.
Stent yerleştirilmesi: Kısmi olarak bağırsak tıkanıklığına yol açan bağırsak kanseri olgularında geçici (plastik) veya kalıcı (metal) şemsiye şeklinde bağırsak içinde açılan ve tekrar genişlemeyi sağlayan stent yerleştirilebilir.
Yabancı cisimlerin alınması: bağırsak içine kaça çeşitli yabancı cisimler kolonoskopi ile alınabilir.