1. Manyetik rezonans görüntüleme (MRG): makat kanalına (anal kanal) yönelik gerçekleştirilen ilaçlı (kontrastlı) manyetik rezonans görüntüleme ile fistülün makat kanalı içindeki seyrini, uzunluğunu, genişliğini, dışkı tutma kası (dış makat kası veya eksternal anal sfinkter) ve leğen kemiğinin taban kasları ile ilişkisini ortaya koymaya yarar.
2. ERUS: endorektal ultrasonografi veya ERUS yada sadece makat kanalını inceleyen ultrasonografi (endoanal ultrasonografi - EAUS) ile fistül yolunun (traktus) seyri araştırılır. ERUS bir endokopist tarafından endoskop’un ucuna takılmış olan mini bir ultrason cihazı (miniprob) ile veya bir Radyoloji Uzmanı tarafınan rektal prob adı verilen ultrason ucu ile makattan girilerek yapılabilir. Buradaki amaç, fistülün seyri sırasında dışkı tutma kası (dış makat kası, eksternal anal sfinkter) veya leğen kemiğinin taban kasları ile ilişkisini anlamak ve ameliyat öncesindeki planlamayı detaylı yaparak ameliyata hazırlanmaktır. Manyetik rezonans görüntülemeden farkı ultrason probu adı verilen parmak kalınlığında bir cismin makat içine yerleştirilmesi ile gerçekleştirilmesidir.
3. Fistülografi: fistül ağzından ilaç vererek röntgen çekilmesidir. Fistülografi ile; fistülün uzunluğu, yerleşimi, dışkı tutma kası (dış makat kası veya eksternal anal sfinkter) ve leğen kemiğinin taban kasları ile ilişkisi anlaşılmaya çalışılır. Manyetik rezonans görüntülemenin yaygınlaşması ile birlikte, bu yöntem nadir olarak tercih edilmektedir.
4. Endoskopi: Anoskopi ile sadece makat kanalı incelenebilir, yada rektoskopi, sigmoidoskopi veya kolonoskopi gibi daha detaylı incelemeler yapılarak özellikle tekrarlayan makat fistüllerinde altta yatan iltihabi bağırsak hastalığı (Crohn hastalığı) vb. varlığı araştırılır.