Muhteşem Yüzyıl Kösem'de Saraydan sürgün edilen, Kösem Sultan, Sultan İbrahim'i şimşirliğe götürüp orada yüzleştiler. Son bölümde, Sultan İbrahim ise kararından vazgeçmeyerek Kösem Sultan'ı karşısına almaya kararlı.
Son bölümde Kösem Sultan, Sultan İbrahim'e yönelik bir plan düzenledi. Vezir-i azam Kemankeş Paşa'yla beraber Yeniçeriyi kışkırtmaya karar verdiler. Tıpkı tarih kitaplarındaki gibi, bunu öğrenen Turhan Sultan, ana oğulun arasını iyice açmak istedi. Muhteşem Yüzyıl Kösem son bölüm sonlarına doğru Kösem Sultan'ın mührünü .aldı ve Kösem Sultan adına yeniçeriye emir göndermeye karar verdi.
Muhteşem Yüzyıl Kösem son bölümde İfşa olan Kemankeş Paşanın, Sultan İbrahim tarafından idam hükmü verilir. Kösem Sultan ise Kemankeş'i kaçırtıp, hapsetti. Kemankeş'in saklandığı yeri öğrenen Turhan Sultan bir anlaşma karşılığında Sultan İbrahim'e yerini söyledi. Tutuklanan Kemankeş Paşa, Kösem Sultanın gözü önünde idam edilir. Son bölümde ise, Kösem Sultan, tüm bunları yapanın Turhan Sultan olduğunu anladı.
Sultan İbrahim'in tahta çıkmasıyla, devletin idaresi yeniden Kösem Sultan'a geçiyor! Vezir-i azam Kemankeş Mustafa Paşa'yla devleti beraber idare etmeye devam eden Kösem Sultan, Sultan İbrahim'i devlet işlerinden uzak tutmaya başladı!
Muhteşem Yüzyıl Kösem son bölümde, Atike Sultan ise validesinin yanında değil, karşısında duruyor! Sultan İbrahim ise gözdeleriyle sefahat içinde yaşıyor! Sultan İbrahim'in padişah olmadan evvel doğan Şehzadesi Osman, saray içerisinde resmen yok sayılıyor artık.
Son bölümde buna dayanamayan Sultan İbrahim şehzadesini resmi olarak ilan etmeye karar verdi. Kösem Sultan buna engel olmak için de Şehzade Osman ve Zarife'yi başka bir bölgeye sürdü . Sultan İbrahim'in baş hasekisi olan Turhan Sultan ise Şehzadenin geri dönmemesi için bir tuzak kurdu Şehzadesinin başına gelenleri öğrenen Sultan İbrahim, validesini suçluyor ve onu çok uzak bir yere sürdü.