Bu konunun yargılama konusu iddialarla ne gibi bir irtibatının olduğunu anlayamadığını belirten İlker Başbuğ, “Bana göre insanların inançlarının ve etnik kökenlerinin diğerleri tarafından sorgulanması, her şeyden evvel bir insanlık suçudur” dedi. İlker Başbuğ’un açıklamasında şu ifadeler yer aldı:
**Allah ile kul arasına girme yetkisi nereden**
“İslam dinini en son ve en mükemmel din haline getiren en önemli nedenlerden birisi, kutsal dinimizin, dini Allah ile kul arasında olan bir konu olarak kabul etmesidir. Bu nedenle, Allah ile onun kulu arasına girmeye cesaret edenler, bu yetkiyi nereden almaktadır? Musevilik semavi dinlerden birisi olup Kudüs’teki ağlama duvarı da kutsal bir yerdir. Bu kutsal yeri ziyaret eden herkesin Musevi olabileceklerini ileri süren cahiller, herhalde İstanbul’da Sultanahmet Camisi’ni ziyaret edip, orada dua eden herkesin de Müslüman olduğunu mu düşünüyorlar?
**Türklüğüm ve Müslüman olmamla iftihar ederim**
Bugün ben Türklüğümle ve elbette Müslüman olmamla da iftihar ederim. Aynı gezi esnasında dinimizde özel bir yeri ve anlamı olan Mescid-i Aksa’yı da ziyaret etmiş olmaktan mutluluk ve huzur duydum. Ancak, benim Türklüğümle ve Müslüman olmamla iftihar etmem, bu ülkenin vatandaşı olsun olmasın farklı etnik köken veya dini inanca sahip olan kimseleri küçümseme ve onların bu durumlarını sorgulama hakkını da bana vermez. Herkes Türk Milletinin bir bireyi olmaktan ve kendi etnik kökeni, dini inancıyla gurur duymalı ve övünebilmelidir.”
Vakit Gazetesi 2008’de “Ağlama duvarında bir bürokrat” başlığıyla İlker Başbuğ’un Kudüs’te ağlama duvarının önünde dua ederken çekilen fotoğrafını sürmanşetten vermişti. Fotoğraflar daha sonra Başbuğ’un yargılandığı İndernet Andıcı davasında kendisine soru olarak yöneltilmişti.