ABD Uluslararası Dini Özgürlükler 2006 Raporu'nda bu sene Türkiye'ye geniş yer verildi. Her sene yayınladığı raporu ABD Dışişleri Bakanlığı'na ve ABD Kongresi'ne sunan komisyon, Heybeliada Ruhban Okulu'nun açılması için acil çağrıda bulundu ve ABD hükümetinin bu konuda Türkiye'ye telkinde bulunmasını istedi.
Komisyon raporunda ayrıca ABD'nin Türkiye'yi 2002 yılında imzaladığı uluslararası insan hakları anlaşmasına uygun olarak uluslararası denetim mekanizmalarına rapor vermesi için uyarması istendi. Raporda ABD hükümetinin Türkiye'ye iletmesi gereken uyarılar arasında Avrupa İnsan Hakları Mahkemesi'nin Türkiye ile ilgili aldığı kararları yerine getirmek de yer aldı. Raporda, 1974 yılında el konulan Yunan vakıflar binasının geri iadesi ya da bedelinin ödenmesi için de uyarıda bulunuldu.
Türkiye'de laik siyaset ve giderek geniş kitlelere yayılan Müslüman kimlik olgusunun ülkenin baş siyasi meselesi haline geldiği savunulan raporda, iki olgu arasındaki çatışmanın Türkiye'de insan haklarının geleceğinde önemli faktör olduğuna değinildi.
Türkiye'de laiklik kavramının da ABD'deki laiklik kavramından çok farklı olduğuna işaret eden rapor, "Türkiye'de laiklik; din ve devlet işleri arasında ayırımı değil, kamu yerlerinde dini aktivitelerin ifadesinin devlet tarafından kontrolü olarak uygulanıyor" ifadeleri kullanıldı.