Sedat Peker'in adı, 1990'larda yasadışı suç örgütü kurmak, tehditle tahsilat, zorla alıkoyma ve insan öldürmeye azmettirme iddialarıyla gündeme geldi. Peker, 1997 yılında Rize'de Abdullah Topçu'yu öldürmek suçundan müebbet hapis istemiyle yargılandığı davada, beraat etti. Ardından Romanya'ya kaçan Peker, hakkındaki suçlamalar nedeniyle 1998 tarihinde Türkiye'ye teslim oldu. İstanbul 4 No'lu Devlet Güvenlik Mahkemeleri'nde (DGM) "Suç işlemek amacıyla oluşturulan örgüte üye olmak" suçundan 4 yıl 6 aya kadar hapis istemiyle yargılanan Peker, dava dosyasının "görevsizlik" kararıyla İstanbul Ağır Ceza Mahkemesi'ne gönderildi. Peker, bu süreçte 8 ay 29 gün tutuklu kaldı.
2004 yılında "Kelebek Operasyonu" kapsamında tutuklanan Peker hakkında çeşitli suçlardan 21 yıldan 62 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açıldı. İstanbul 9. Ağır Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Sedat Peker, "Çıkar amaçlı suç örgütü kurmak ve yönetmek", "Hürriyetinden yoksun bırakmak" ve "Evrakta sahtecilik" gibi çeşitli suçlardan toplam 14 yıl 5 ay 10 gün hapis cezasına çarptırıldı. Davanın gerekçeli kararında, Peker'e "Reis" olarak hitap edildiği, mutlak liderliği ve hiyerarşisi bulunduğu vurgulandı.
Peker, Kelebek Operasyonu davası kapsamında cezaevindeyken Ergenekon davasında da sanık oldu. Ergenekon davasında da 10 yıl hapis cezasına çarptırılan Peker, 2014 tarihinde Özel Yetkili Mahkemeler'in kapatılması ve uzun tutukluluk süresinin de 10 yıldan 5 yıla indirilmesinin ardından aldığı ceza miktarı dikkate alınarak 10 yıl sonra tahliye edildi.
"Bu Suça Ortak Olmayacağız" bildirisi yayımlayan 'Barış Akademisyenleri'ni kişisel internet sitesinde 13 Ocak 2016 tarihinde yazdığı yazıda "Oluk oluk kanlarınızı akıtacağız ve kanlarınızla duş alacağız" sözleriyle tehdit ettiği iddiasıyla hakkında 11 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açılan Peker, İstanbul Anadolu Adliyesi 20'nci Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanarak beraat etti.
Peker hakkında 2017 yılında, 15 Temmuz darbe girişiminin yıldönümü nedeniyle Üsküdar'da düzenlenen şehitleri anma programında yaptığı konuşmada nedeniyle Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı'nca "Suç işlemeye alenen tahrik etmek" suçundan 6 aydan 5 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açıldı. Anadolu 41. Asliye Ceza Mahkemesi'nde yargılanan Peker, üzerine atılı eylemin suç oluşturmadığı gerekçesiyle beraatine karar verildi.
Ataşehir'de 2019 yılında bir açılış sırasında yaptığı konuşmada halka silahlanma çağrısı yaptığı iddia edilen Peker hakkında "Suç işlemeye tahrik" ve “Halkı kin ve düşmanlığa tahrik etme" suçlarından soruşturma başlatıldı. Ancak Peker hakkında takipsizlik kararı verildi.
Peker iddialara göre yılbaşında Karadağ'dan Makedonya'ya geçti. Peker'in bu ülkede gizlenmek için sahte pasaport edinmeye çalıştığı da öne sürüldü. (DHA)