Ancak TCDD'den yapılan açıklamada bu iddia reddedildi ve hiçbir arama yapılmadığı kaydedildi.
Açıklamada, "İzmir Cumhuriyet Savcılığı'nca yürütülen bir soruşturma kapsamında kuruluşumuzun 8 personeli bilgilerine başvurulmak üzere gözaltına alınmıştır" denilirken, şunlar kaydedildi:
"Soruşturma İzmir Cumhuriyet Savcılığınca gizli olarak yürütülmektedir. Soruşturma içeriği hakkında basın çıkan haberlerin savcılık soruşturmasıyla ilgisinin bulunup bulunmadığı kuruluşumuzun bilgisi haricindedir. TCDD Genel Müdürlüğü'nde arama yapılmamıştır."
Liman İşletmelerinde usulsüzlük yapıldığına yönelik bilgiler üzerine Mali Suçlarla Mücadele Şube Müdürlüğü ekipleri soruşturma başlattı. Ekiplerin uzun süren takibinin ardından usulsüzlük yapan kişilerin kimliklerinin belirlenmesiyle operasyona başlandı.İzmir, İstanbul, Ankara, Van ve Hatay’da yapılan eşzamanlı operasyonlarda 25 kişi gözaltına alındı.