Çimlenme sayesinde embriyo tohumdan yükselir ve özgür bir bitki olur. Bu işlem tohum çimlenmesi olarak da bilinir. Çimlenme için uygun koşulların oluşturulması gereklidir. Kinoa, ay çekirdeği, kabak çekirdeği, turp, brokoli, soya fasulyesi gibi bitki tohumları başta olmak üzere tüm sebze ve tahıllar çimlenebilir. Çimlendirilecek tohumlar hiçbir şekilde işlenmemelidir. Tohumlar suda bekletilerek, oksijen, sıcaklık gibi etkenlerle oluşan uygun bir ortamda uyanmaya başlarlar. Bu, tohumun koruyucu örtüsünü kırar ve daha sonra filiz hâline gelir.
Tohum çimlendirme işleminde evde tüketilen meyve ve sebze çekirdekleri veya dışarıdan satın alınan tohumlar kullanılabilir. Çimlendirme işlemi ilk olarak çekirdekler 24 saat suda bekletilir. Tohumlar suyun içerisinde sudan beslenir ve şişerler. Şişen tohumlar suyun içerisinden çıkarılarak kağıt bir havluya sarılır. Kağıt havlu ıslatılarak herhangi bir poşetin içerisine koyulur. Bu poşetin serin bir yerde beklemesi gerektiğinden en uygun ortam buzdolabı olacaktır.
Tohumlar 2 hafta boyunca buzdolabında bekletilir. Tohumun türüne göre bekleme süresi değişebilir ancak bu süre genellikle 2 haftadır. 2. haftanın sonunda çekirdekler çimlenmeye başlar. Çimlendirmek istenilen tohum sayısının az olması, başarısız olma ihtimalini arttırır. Bu yüzden tohumlar yeterli miktarda kullanılmalıdır. Çimlenen tohumlar 1 cm kadar büyüdüğünde toprağa ekilmeye hazır hâle gelir.
Birçok insan şehir yaşamında doğayla iç içe olamadığında evinde bitki yetiştirmek istiyor. Evde bitki yetiştirmek için bitkilerle ilgili tohum çimlendirme gibi konuları bilmek gerekiyor. Evde tohum çimlendirme bir saksı içerisindE işlemi yapılabilir. Saksı içerisinde evde tohum çimlendirme işlemi yaparken toprağa ekilen tohumun üzeri poşetle veya bir bezle örtülmelidir. Bu yöntem sera etkisi yaratır ve tohumların nemli kalmasına olanak sağlar. Nemli kalması gereken tohumlar, bu yöntemle daha hızlı çimlenmeye başlayacaklar.
Çimlendirme işlemi sırasında mutlaka toprağın nemli olması gerekir. Bu sebeple tohumun ekildiği toprağın kuru kalmaması gerekir. Ekilen tohumun hiçbir şekilde işlem görmemiş olmasına dikkat edilmelidir. İşlem görmüş tohum çimlenmeyecektir. Tohumların bulunduğu ortamın sıcaklığı 23-25 derece olması, çimlenmesini hızlandıracaktır. Bir başka yöntem olarak, ekilmek üzere ayrılan tohumlar ıslak bir kağıt havlu veya pamuğun içerisinde bekletilebilir. Bu yöntemde tohumlar çimlendikten sonra toprağa ekilir. Toprağa ekilen tohumlar sulanıp üzeri nemi hapsedecek şekilde örtülmelidir.
Tohumların çimlenebileceği ortamın yaratılması oldukça önemlidir. Bu yüzden bitki çimlendirme ve bakım işlemleri hakkında yeterince bilgiye sahip olmak gerekir. Başarılı bir çimlenme işlemi için tohumun bulunduğu ortamın ışık alması son derece önemlidir. Bitkilerin ışık ve oksijene ihtiyacı vardır. O yüzden tohumun bol oksijen almasına özen gösterilmelidir. Bitki için gerekli olan ortam sağlanamazsa tohum çimlenemez ve büyüyemez. Bu sebeple tohumlar, saksıda veya açık havada da olsa güneş ve su ihtiyaçları için uygun ortam sağlanmalıdır.
Bitki tohumlarının çimlenme süresi türüne göre değişiklik gösterebilir. Bununla beraber tohumun bulunduğu ortamın ısısı gibi etmenler de çimlenmesinde önemli rol oynar. Çimlenme işlemi için uygun ortam sağlanırsa tohum, ısının 19 derecede olduğu bir ortamda 2 hafta içerisinde çimlenmeye başlar. Değişen şartlara göre bu zaman 1 aya kadar uzayabilir.
Bir diğer yöntem olarak, tohumu pamukta çimlendirme işlemi için de uygun koşullar sağlanmalıdır. Yukarıda belirtilen şartları oluşursa çimlenme süresi 1 haftadır. Ancak, çimlendirme işlemi boyunca tohumun gömüldüğü pamuğun nemli kalması gerekir.
Çimlenmeye başlayan tohumun bulunduğu toprağın son derece kaliteli ve organik bileşenlere sahip olması gerekir. Özellikle saksıda çimlendiriliyorsa, tohumun doğadan alması gereken vitaminlerin, saksı içerisinde olması gerekir. Organik toprak saksıya yerleştirilirken üzerinde boşluk bırakılmasına özen gösterilmelidir. Bu sayede tohumlar daha kolay ekilecektir. Tohumlar ekildikten sonra üzeri toprakla kapatılır ve suyu verilir. Toprağın nemini koruması için üzeri poşet veya bir bezle kapatılır. Saksının güneş alan bir noktada olması ve belli aralıklarla sulanması önemlidir.
Tohumlar çimlenirken nemli ve serin bir ortamda beklemelidir. Bu yüzden ıslatılmış bir kağıt havlunun içinde buzdolabına koyularak bekletilebilir. Buzdolabının serinliği tohumun nemini korur ve çimlenmesine yardımcı olur. Çimlenmeye başlayan tohum sonradan toprağa ekilebilir.