Ergenekon'un ikinci iddianamesinde, emekli Orgeneral Hurşit Tolon ve emekli Orgeneral Şener Eruygur'a, "Uyuşturucu ticareti yapma", "Silahlı terör örgütü kurma" "Yargıç üzerinde nüfuz kullanma" gibi bir çok suçlama yöneltildi.
İşte Tolon ve Eruygur'a yöneltilen suçlamalar:
- 2863 Sayılı Kanuna Aykırılık
- Askerleri İtaatsizliğe Teşvik Etme
- Açıklanması Yasaklanan Gizli Bilgileri Açıklama
- Açıklanması Yasaklanan Gizli Bilgileri Temin Etme
- Bir adet Ateşli Silah ve Mutat Sayıdaki Mermileri Bulundurma
- Devletin Güvenliğine İlişkin Belgeleri Tahrip Etme Amacı Dışında Kıllanma Hile ile Alma Çalma
- Devletin Güvenliğine İlişkin Gizli Belgeleri Temin Etme
- Hukuka Aykırı Olarak Kişisel Verileri Kaydetmek
- Pek Az Sayıda Mermi Bulundurma veya Taşıma
- Resmi Belgede Sahtecilik
- Ruhsatsız Ateşli Silahlarla Mermileri Satın Alma veya Taşıma veya Bulundurma
- Sayı ve Nitelik Bakımından Vahim Olan Silah veya Mermileri Sayın Alınması Taşınması Bulundurulması
- Silahlı Terör Örgütü Kurma veya Yönetme
- Silahlı Terör Örgütüne Üye Olma
- Tehlikeli Maddeleri İzinsiz Olarak Bulundurma veya El Değiştirme
- Türkiye Büyük Millet Meclisini Ortadan Kaldırmaya veya Görevini Yapmasını Engellemeye Teşebbüs Etme
- Türkiye Cumhuriyeti Hükümetine Karşı Silahlı İsyana Tahrik Etme
- Türkiye Cumhuriyeti Hükümetini Ortadan Kaldırmaya veya Görevini Yapmasını Engellemeye Teşebbüs Etme
- Uyuşturucu veya Uyarıcı Madde Ticareti Yapma veya Sağlama
- Yargıç üzerinde nüfuz kullanmak
- Örgüte Bilerek İsteyerek Yardım Etme
-Özel Hayatın Gizliliğini İhlal Etmek