UEFA Kupası'nda gruplara kalmaya hak kazanan temsilcilerimiz Beşiktaş ve Fenerbahçe'nin rakipleri İsviçre'nin Nyon kentinde yapılan kura çekimi sonrası belli oldu. Çekilen kuralar sonrası gruplarda mücadele etmeye hak kazanan 40 takım, 5'erli 8 gruba dağıldı. Temsilcimiz Beşiktaş B Grubu'nda yer alırken, diğer bir temsilcimiz Fenerbahçe ise H Grubu'nda yer aldı.
Takımlar 2'si iç sahada, 2'si deplasmanda olmak üzere toplam 4 karşılaşma yaparken, 1 haftayı maç oynamadan geçecek ve grup maçlarını bitirecekler.
Gruplarını ilk üç sırada tamamlayan 24 takım ve Şampiyonlar Ligi'nde gruplarını üçüncü bitiren 8 takımın katılması ile oluşacak 32 takımlı eleme ve kupanın bir sonraki basamağı 16 takımlı elemenin ardından finaller başlayacak.
Çeyrek final ve yarı finalin sonrasında finale yükselen iki takım 16 Mayıs 2007 tarihinde İskoçya'nın Glasgow kentinde karşı karşıya gelecek.
UEFA Kupası kura çekimi sonrası oluşan gruplar şöyle:
A Grubu
- Auxerre
- Glasgow Rangers
- Partizan
- Livorno
- Maccabi Haifa
B Grubu
- Bayer Leverkusen
- Club Brugge
- Beşiktaş
- Dinamo Bükreş
- Tottenham Hotspur
C Grubu
- Sevilla
- AZ Alkmaar
- Slovan Liberec
- Grasshoppers
- Braga
D Grubu
- Parma
- Lens
- Heerenveen
- Osasuna
- Odense
E Grubu
- Feyenoord
- Basel
- Wisla Krakow
- Blackburn Rovers
- Nancy
F Grubu
- Ajax
- Sparta Prag
- Espanyol
- Austria Wien
- Zulte Waregem
G Grubu
- Panathinaikos
- Paris St. Germain
- Radip Bükreş
- Hapoel Tel-Aviv
- Mlada Boleslav
H Grubu
- Newcastle United
- Celta Vigo
- Palermo
- Fenerbahçe
- Eintracht Frankfurt