Yalçın Küçük ,İskenderun'a Halep'ten gelip yerleşmiş bir ailenin çocuğudur. Baba tarafı Türkmen, anne tarafından ise Kafkasyalı bir aileye mensuptur.
Yalçın Küçük ,Kabataş Lisesinden mezun olup, Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi’nde öğrencilik hayatı boyunca; Fikir Kulüpleri Federasyonu, ardından Sosyalist Fikir Kulüpleri Federasyonu, Dev-Genç ve Türkiye Halk Kurtuluş Partisi olan Fikir Kulübü Başkanlığı’nı yaptı. Yalçın Küçük Siyasal Bilgiler’i 1960 senesinde birincilikle bitirdi.
Yalçın Küçük 27 Mayıs Darbesinde, büyük öğrenci eylemlerinin başında yer aldı 27 Mayıs 1960 darbesi sonrasında Devlet Planlama Teşkilatı'nda görev aldı.
1960 ihtilalinden sonra Devlet Planlama Teşkilatı'na girdi. Yalçın Küçük burada bir süre çalıştıktan sonra ABD'ye giderek Yale'de lisans eğitimi aldı.
Yalçın Küçük 1966 yılında ODTÜ'de çalışmaya başladı. 1968-70 yılları arasında Sovyetoloji araştırmalarını kitaplaştırdı. Bu kitaptan dolayı sekiz yıla mahkum edildi.
Yalçın Küçük 1971'de doçent oldu. 12 Mart 1971 Muhtırası'ndan sonra görevden alındı. 1973-76 yılları arasında Cumhuriyet gazetesinin ekonomi servisini yönetti. 1970'lerde, Türkiye İşçi Partisi'nin ikinci kez kuruluşu için çalışmalara katıldı, 1973 yılı sonlarında askere alındı.
Yalçın Küçük ,Kıbrıs Barış Harekatı'na katıldı. 12 Eylül 1980'den sonra ise 1402'liklerden biri olarak üniversiteden uzaklaştırıldı. Bu savaşta yaşadıklarını anlattığı bir anı-söyleşi kitabı bulunmaktadır. Yalçın Küçük ,1975'ten itibaren yayınlanan ve partiye yakınlığıyla bilinen Yürüyüş gazetesi'nin editörlüğünü yaptı. 1978'de partiden ihraç edildi. 1979'da kendisiyle beraber TİP'ten ihraç edilenlerle birlikte Sosyalist İktidar dergisi'ni çıkarmaya başladı.
Yalçın Küçük aynı yıl Ankara İktisadi ve Ticari İlimler Akademisi'nde öğretim üyesi oldu.
Yalçın Küçük, 12 Eylül Darbesi'nden sonra üniversiteden uzaklaştırıldı. 1983'te Bir Yeni Cumhuriyet İçin adlı yapıtından ötürü tutuklanarak cezaevine girdi; daha sonra aklandı. 1987'de Gazi Üniversitesi'nde profesör oldu ve 1994'te emekli oldu.
Yalçın Küçük ,12 Eylül 1980 darbesinden sonra aydınların yönetime karşı örgütlenmesinde büyük çaba gösterdi. Aziz Nesin ile birlikte "Aydınlar Dilekçesi Hareketi"ni örgütledi.
1987-1992 yılları arasında Toplumsal Kurtuluş adlı sosyalist bir aylık dergi çıkardı. Daha sonra bu dergi kapanarak yerine Hep İleri adlı bir dergi çıkmıştır. "Özgür Üniversite" adıyla bilinen "Özgür Ekin Derneği"nin kurucusudur. 1993'te Süleyman Demirel'in Cumhurbaşkanı olmasını ve Matild Manukyan'ın vergi rekortmeni olmasını öne sürerek Fransa'ya gitti .
Yalçın Küçük, burada öğrenci olup, İranoloji ve Kürdoloji okudu; Kırmançi, Sorani, Farisi öğrendi. Onomastik üzerine çalışmalarına yoğunlaştı. Yalçın Küçük 1993 yılında Suriye'de Bekaa Vadisi'ne giderek PKK lideri Abdullah Öcalan ile görüştü. Bu görüşmeyi "söyleşi" adıyla kitaplaştırdı. Çeşitli sol dergiler çıkarttı. Bu arada PKK'nın medya organı olan MED-TV'de programlar yaptı.
Yalçın Küçük ,28 Şubat sürecinde, 16 Eylül 1996'da yurtdışından Ankara Cumhuriyet Savcılığı'na Refah Partisi'nin kapatılması için harekete geçmenin zorunluluğunu ifade eden bir dilekçe sundu. 29 Ekim 1998'de Türkiye'ye geri döndü ve "Kürtçülük Propagandası" yapmaktan suçlu bulunarak iki yıl hapis cezasına çarptırıldı. 2000 yılında tahliye oldu.
Yalçın Küçük ,2000'li yılların başından itibaren Türkiye'nin yakın tarihiyle ilgili iddialar ve eserler sunarak isimbilim araştırmalarına yöneldi. "Avdeti" kültürü, Sabetayizm, İbraniyet, kripto Yahudilik, gizli din taşıma, çift dinlilik konuları ile ilgilendi.
Yalçın Küçük ,7 Ocak 2009 tarihinde, Ergenekon soruşturması kapsamında Ankara'da gözaltına alındı. Mahkemeye çıkarılmak üzere İstanbul'a sevk edilen Yalçın Küçük ,11 Ocak 2009 tarihinde tutuklandı. 12 gün sonra tutuksuz yargılanmak üzere tahliye edildi. 3 Mart 2011 tarihinde aynı soruşturma kapsamında evi arandıktan sonra yeniden gözaltına alındı. 6 Mart 2011 çıkarıldığı nöbetçi mahkemede tutuklandı. 5 Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında 22 yıl 6 ay hapis cezasına çarptırıldı.
Kitapları
100 Soruda Planlama Kalkınma ve Türkiye (1971) (yeni basım: Planlama Kalkınma ve Türkiye, 1975, 1978)
Endüstrileşmenin Temel Sorunları: Sovyet Deneyimi, 1925-1940 (1975)
Türkiye Üzerine Tezler I (1978)
Türkiye Üzerine Tezler II (1979)
Bir Yeni Cumhuriyet için (1980)
Seçme Teknik Çalışmalar (1981)
Aydın Üzerine Tezler, 1830-1980 (1984-1987) (5 cilt)
Bilim ve Edebiyat (1985)
Quo Vadimus-Nereye Gidiyoruz? (1985)
Türkiye Üzerine Tezler III (1986)
Küfür Romanları (1986)
Estetik Hesaplaşma (1987)
Sovyetler Birliğinde Sosyalizmin Kuruluşu (1987)
İtirafçıların İtirafları: TKP Pişmanları (1988)
Bir Soran Olursa (1987)
Yirmi Bir Yaşında Bir Çocuk: Fatih Sultan Mehmet (1987)
Kurtuluş Yazısı (1988) (Çelik Bilgin ile birlikte)
Türkiye Üzerine Tezler IV (1989)
Davalarım (1989)
Ermeni Rahiple Mektuplaşmalar (1989)
Kürtler Üzerine Tezler (1990)
Türkiye Üzerine Tezler V (1991)
Sovyetler Birliğinde Sosyalizmin Çözülüşü (1991)
Emperyalist Türkiye (1992)
Marksist Damar (1992)
Kürt Bahçesinde Söyleşi (1993), (Abdullah Öcalan ile söyleşi)
Bir Dikine Ülke (1993)
Dirilişin Öyküsü (1993) (Abdullah Öcalan ile söyleşi)
Yürüyüş (1996)
Bakış (1996)
Tarihçe (1997)
Sicil (1997)
El Kitabı (1997)
Sol Marksizm (1998)
Aydınlık Zindan (2000), (Bilgesu Erenus ile birlikte)
Tekelistan (2000)
Sırlar (2001) (ikinci cilt: 2002)
Şebeke: Network (2002) (genişletilmiş basım: Şebeke-Network 1, 2004)
İsimlerin İbranileştirilmesi / Tekelistan 1 (2003) (2 cilt)
Tekeliyet 1 (2003)
Tekeliyet 2 (2003)
Putları Yıkıyorum – Önsözler 1 (2004)
İsyan 1 (2005)
İsyan 2 (2005)
Türkiye Büyülü Hapishanem (2005)
Gizli Tarih 1 (2006)
Ders 1: Küçülme Savaş (2006)
Devlet ve Hürriyet (2006)
Caligula: Saralı Cumhur (2007)
Sol Müdahale (2007)
Aforizmalar (2008)
Epilepsi ile Orgazm: Mediko-Politik (2008)
Çöküş (2010)
Haberci (2010)
Fitne (2010)
Hasta Despot (2010)
Cumhuriyet'e Karşı Küfür Romanları (2011)