Yargıtay, Türkiye topraklarında kalmasına izin verilen Patrikhane'nin, tamamen Türk hukukuna tabi olduğuna işaret ederek, egemen bir devletin, kendi topraklarında yaşayan azınlıklara kendi vatandaşlarından farklı bir hukuk uygulayarak çoğunluğa dahi tanımadığı bir takım ayrıcalıkları onlara tanımak suretiyle özel bir statü vermesinin, Anayasa'da gösterilen eşitlik ilkesine açıkça aykırılık oluşturacağından kabul edilemeyeceğini vurguladı.
Yüksek Mahkeme, bu nedenle Patrikhane'nin ekümenik olduğu iddiasının yasal bir dayanağı bulunmadığına dikkati çekti.
Fener Rum Patrikhanesi görevlileri, Vasil Yuanidi, Dimitri Bartalomeos Arhondon, Apostol Daniilidis, Yanaki Atanasyadis, Kostandinos Harisiyadi, Yorgi Diragun, Mihal Roka, Hirisostos Emilyos Konstandinidis, Dimitri Savaidis, Haralambos Sofronıadis, Hiristomo Kalaycı, Dimitro Komatas, Iakovas Fenerli hakkında,"dinlerden birine ait ibadet ve ayinden başkalarını men etmek" iddiasıyla kamu davası açıldı.
Sanıkların, görev yaptıkları Fener Rum Patrikhanesinin, Bulgar ortodoks Kilisesi üzerinde ruhani üstünlüğü olduğu düşüncesinden hareketle Bulgar kilisesinde papaz olarak görev yapan Konstantin Kostoff'un "ruhanilik sıfatının kaldırılmasına karar alarak" adı geçenin din özgürlüğünü ihlal ettikleri" iddia edildi.
Fatih 3. Asliye Ceza Mahkemesi, sanık Mihal Roka'nın ölümü nedeniyle kamu davasının düşmesine, diğer sanıklar Arhondoni, Harisiyadi, Sofroniadis, Daniilidis, Kalaycı, Yuanidi, Atanasyadis, Diragun, Savaidis, Komatas, Konstandinidis ve Fenerli hakkında ise beraat kararı verdi.
Davaya katılanlar Konstantin Kostoff ve Bujidar Cipof vekili ile Cumhuriyet Savcısının kararı temyiz etmesi üzerine dosya Yargıtay 4. Ceza Dairesi'ne geldi.
Daire, sanıkların eylemlerini "din özgürlüğünü ihlal" niteliğinde bulumadı ve onama istemli tebliğnameye uygun olarak Fatih 3. Asliye Ceza Mahkemesi'nin, sanık Mihal Roka hakkında ölüm nedeniyle davanın düşmesi, diğer sanıklar yönünden beraat kararını oybirliğiyle onadı.
Dairenin gerekçesinde, Rum azınlığa mensup Fener Rum Patriği ve Sen Sinod (Kutsal Meclis) üyeleri olan sanıkların, diğer bir Ortodoks azınlık olan Bulgar kökenli Türk vatandaşlarının dini ayin ve işlerini yürüten Bulgar Kilisesi üzerinde dini ve hukuki açıdan hiç bir yetkileri bulunmadığı halde, İstanbul Haliç'te bulunan Sen Stefan Kilisesi'nde (Demir Kilise) Bulgar Kilise Vakfı ile yapılmış iş akdine dayalı olarak papazlık görevi yürüten ve kilisedeki ayinleri yöneten Konstantin Kostoff'un ayinlerde "Fener Patriğine karşı itaatsiz davrandığı, ayin sırasında Patriğin adını anması gerekirken anmadığı" gerekçeleriyle "ruhani yetkisinin kaldırılmasına" karar aldıkları belirtildi.
Gerekçede, sanıkların, bu kararı Bulgar Kilisesi Vakfına ve dünyada çeşitli yerlerde bulunan Ortodoks kiliselerine bildirdikleri, "bunun sonucunda baskılara dayanamayan Bulgar Kilisesi Vakfı Yönetim Kurulunun katılanın iş akdini fesh ederek kilisedeki görevini sona erdirdiği" kaydedildi.
Patrikhanenin Türkiye'deki hukuki durumunun irdelendiği gerekçede, Türkiye'deki azınlıklar konusunun Lozan Antlaşması ile düzenlendiği anımsatıldı.
Lozan Antlaşması'nın müzakereleri sırasında azınlıkların varlığı ve hakları görüşülürken, antlaşma metninde Fener Patrikhanesi ile ilgili bir hükme yer verilmediğine işaret edilen gerekçede, antlaşmanın sonuç metninde ve konvansiyonun eklerinde, Fener Rum Patrikhanesi'nin ismen dahi zikredilmediği, sadece bir azınlığın kilisesi olarak belirtildiği vurgulandı.
Bu nedenle statü olarak bir azınlık kilisesi olduğu kaydedilen gerekçede, anlaşma metninde Patrikhanenin hukuki durumuyla ilgili hiç bir hükme yer verilmediğinden, durumun Lozan müzakerelerinin görüşme kayıtlarının esas alınması suretiyle tamamen Türk iç hukukuna göre belirlenmesi gerektiği ifade edildi.