Kalın bağırsak veya kolon kanseri tedavisinde başlıca şu tedavi yöntemleri kullanılır.
1- Cerrahi tedavi
2- Kemoterapi
3- Işın tedavisi (radyoterapi)
4- Hedefli tedaviler
Tümörü ve lenf bezlerini çıkartmaya yönelik cerrahi işlem, bağırsak veya kolon kanserleri için en yaygın olarak tercih edilen tedavi yöntemidir. Ameliyat öncesinde bağırsak hazırlığı (temizliği) uygulanır. Ameliyat öncesinde, enfeksiyondan korunmak için antibiyotik ve bağırsak kanseri hastalarında sıkça rastlanılan damarlardaki pıhtılaşmayı önlemek içinse kan sulandırıcı (düşük molekül ağırlıklı heparin) uygulanır. Bağırsak kanseri ameliyatı açık cerrahi, laparoskopik cerrahi (kapalı ameliyat) veya robotik cerrahi yöntemlerinden birisi ile gerçekleştirilebilir. Laparoskopik cerrahi veya robotik cerrahi yöntemleri, birkaç küçük delikten bağırsak kanserinin alınması ve farklı bir bölümünden az daha büyük bir kesi yaparak tümörlü kalın bağırsağın bir torba içinde deriye temas ettirilmeden (bölgesel tümör ekimini önlemek için) dışarıya alınması prensibi ile gerçekleştirilir. Her iki teknikte, daha az ağrılı olma, daha erken işe geri dönme olanağı, daha az sıklıkta ameliyat yeri fıtığı belirlenmesi gibi avantajlar taşırlar. Bağırsak kanserinin cerrahi tedavisinde laparoskopik cerrahi, 1991 yılından beri güvenle uygulanmaktadır, ancak kullanımı özellikle 2004 -2005 döneminden itibaren yaygınlaşmıştır. ABD kaynaklı, 2004 yılında 48 merkez ve 872 hasta üzerinde gerçekleştirilen COST çalışması, İngiltere kaynaklı 2005 yılında 343 hasta üzerinde gerçekleştirilen MRC CLASICC çalışması ve yine 2005 yılında Avrupa çok merkez kaynaklı 536 üzerinde gerçekleştirilen COLOR çalışması sonrasında bağırsak kanseri ameliyatlarında laparoskopik cerrahi kullanımı giderek yaygınlaşmıştır.
Çoğu hastada cerrah, kalın bağırsak veya rektumun sağlıklı parçalarını tekrar birleştirilir (anastomoz), ancak bazı durumlarda kalın bağırsağın geçici veya kalıcı olarak karın derisine dikilmesi işlemi (bağırsağın dışa alınması, stoma, ileostomi, kolostomi) gerekebilir. Kalın bağırsağın sağ yarısında olan kanserlerde sağ yarısının alınmasına sağ kolektomi veya sağ hemikolektomi adı verilir, kalın bağırsağın sol yarısında olan kanserlerde sol yarısının alınmasına sol kolektomi veya sol hemikolektomi adı verilir. Bağırsağın devamlılığı sağlıklı iki ucun birleştirilmesi (kolo-kolik, kolo-rektal veya kolo-anal anastomoz) ile sağlanır. Kalın bağırsak kanseri ameliyatları Genel Cerrahi Uzmanları tarafından gerçekleştirilir, başlıca uğraşı alanı bağırsak cerrahisi (kolorektal cerrahi, koloproktoloji) olan cerrahlar ise kolorektal cerrah olarak adlandırılır.