12 sayfalık iddianamede, Alaattin Çakıcı ve çevresinde bulunan sanıkların eylemleri, 'Karagümrük Lokali'nin kurşunlanmasıyla ilgili Alaattin Çakıcı'ya ait dosyanın temyiz safhasında bulunduğu dönemde bu dosyanın geciktirilmesi veya kararın sanıkların lehine çıkarılmasını sağlayabilmek maksadıyla Yargıtay nezdinde girişimde bulunmaya çalışan sanıkların faaliyetleri, "Yargıtay kararının verilmesi sırasında ve sonrasında Alaattin Çakıcı ve adamlarının yurtdışına kaçışlarını sağlayabilmek amacıyla sahte pasaportlar ve sahte vizeler temin etmeleri için yardımcı olan sanıkların faaliyetleri", "Alaattin Çakıcı ile birlikte Erol Evcil ve bazı sanıkların İzmir'de bulunan Say Metal A.Ş.'ye ait bir fabrikadaki hisseleri ele geçirip akrabaları üzerine kaydettirerek gizli ortağı olmaları yönündeki faaliyetleri" ve "Alaattin Çakıcı'nın yurtdışına kaçışı sonrasında, üvey oğlu olan İsmail Onur Özbizerdik'in öldürülmesi için adamlarına talimat vermesi üzerine bu şahsın aranması ve takip edilmesi" olarak 4 ana maddede toplandı.
İddianamede, Milli İstihbarat Teşkilatı'nda görevli Kaşif Kozinoğlu'nun, Alaattin Çakıcı ile dolaylı yoldan irtibata geçerek Karagümrük Lokali'nin kurşunlanmasıyla ilgili Yargıtay'da bulunan dosya konusunda sanıklar Hakkı Süha Şen, Mehmet Özbulut ve Nizamettin Özoğul ile birlikte Yargıtay'da bulunan dosyanın içeriği, verilebilecek kararın özelliği ve bu kararın doğuracağı sonuçlar hakkında bazı adalet görevlileri ile irtibat kurulmasına ve görüşmeler yapılmasına ön ayak olduğu iddia ediliyor. Bu görüşmeler sırasında Kozinoğlu'nun ilgililere, kimliğini açıklamış olduğu ve görevli olduğu için kendisine yardım edilmesini istediği belirtiliyor.
MİT'te görevli Kozinoğlu'nun ayrıca, Çakıcı'nın yurtdışına kaçtığı tarihte, Alaattin Çakıcı ile ilgili bir konuda araştırma yapmakta olduğu ifade ediliyor. Kozinoğlu'nun 15.06.2004 tarihli görev yazısında devlet makamlarına, bir suikast yapılacağı yönünde ihbarda bulunduğu ve bu konuyu araştırmakla Çakıcı'nın görevlendirildiğini ifade ettiği belirtilerek, bu görevin tamamlanmasının ardından, söz konusu ihbarı yapan kişinin Alaattin Çakıcı olduğunun anlaşıldığı ifade ediliyor. 14 sanık hakkında hazırlanan iddianamede, MİT'çi Kaşif Kozinoğlu hakkında, görev sınırlarını aşarak çıkar amaçlı suç örgütü lideri Çakıcı'ya yardım kastıyla hareket ettiği gerekçesiyle 6 aydan 1 yıla kadar hapis cezası isteniyor.
İddianamede ayrıca, sanıklardan, o dönem Yargıtay başkanlığında koruma amiri olarak görev yapan Mustafa Kamalak, Hakkı Süha Şen ve Nizamettin Özoğul ile ilgili yapılan fiziki takip sırasında bu sanıkların Yargıtay binasına girdikleri ve bunu belgeleyen fotoğrafların yer aldığı ifade ediliyor.
Alaattin Çakıcı'nın bütün bunlar olurken, Yargıtay'daki dosyanın incelenmesi sırasında verilecek kararın aleyhine sonuç doğurması ihtimalini göz önüne alarak, bir yandan da yurtdışına kaçış hazırlığı yapmakta olduğunun belirtildiği iddianamede, sahte pasaportları alan Alaattin Çakıcı'nın, bu pasaportlardan İbrahim Arı adına hazırlanmış olanı ile Başar Barış Çakıcı'nın Yıldıray Akın kimlikli pasaportuna vize almak için Sinan Engin'den yardım talep ettiği, o dönemde Beşiktaş Jimlastik Kulübü'nde menajer olarak görev yapan Engin'in bu pasaportları alarak, adı geçen şahıslardan İbrahim Arı'nın kulüp yöneticisi Yıldıray Akın'ın ise kulüp danışmanı olduğunu gösterir nitelikte belgeler hazırlayarak bu belgelerde dönemin kulüp başkanı Serdar Bilgili'nin elektronik ortamda bulunan imzasını kullanıp İtalyan Konsolosluğu'na vize talebi gönderdiği belirtiliyor.
Sanıklardan Aytuğ Gencay Çakıcı'nın Kadıköy'deki evinde yapılan aramada 2 adet tabanca, 2 adet pompalı av tüfeği ve çok sayıda mermi, Alaattin Çakıcı'nın Etiler Ulus Platin Sitesi'ndeki evinde yapılan aramada iki adet çelik yelek, 1 adet 9mm. çaplı tabanca, 2 adet şarjör ve çok sayıda mermi ele geçirildiği ifade ediliyor.
İddianamede, MİT'çi Kaşif Kozinoğlu hakkında, görev sınırlarını aşarak çıkar amaçlı suç örgütü lideri Çakıcı'ya yardım kastıyla hareket ettiği gerekçesiyle 6 aydan 1 yıla kadar, Beşiktaş Spor Kulübü'nün eski menajeri Sinan Engin hakkında "sahte pasaport düzenleme" ve "çıkar amaçlı suç örgütüne yardım yataklık yapmak" suçundan 7.5 aydan 4 yıla kadar, Ali Yüce hakkında "sahte pasaport düzenlemekten" ve "çete üyeliğinden" 15 yıldan 42 yıla kadar hapis cezası isteniyor.
Aralarında Gencay Çakıcı, Barış Çakıcı ve Çakıcı'nın MİT'le olan bağlantısını sağladığı iddia edilen müteahhit Hakkı Suha Şen'in de bulunduğu 12 sanık hakkında ise, 6 aydan 7 yıla kadar hapis cezası istemiyle dava açıldı.