Doğum kontrol haplarının yan etkileri arasında en sıkça görülenler bulantı ve kusma yapmasıdır. İçerisindeki östrojen ve progesteron hormonunun etkisiyle, karşımıza çıkabilecek bu durumla bulantı hapları sayesinde mücadele edebiliriz. Kusma eğer iki saatten önce oluyorsa, ilacın etkisini bir miktar azaltabileceği için ilaç kullanımından önce mutlaka bulantı hapı kullanarak tedbir almak gerekir.
Vücutta hafif bir ödem ve şişkinlik hali, bazı hastalarda göğüslerde görülebilecek hafif dolgunluk ve ağrı, baş ağrısı gibi sıklıkla görülen yan etkiler olabilir. Fakat bu yan etkileri çok sık görmekle birlikte, o hasta doğum kontrol hapına devam ettiğinde yan etkilere adaptasyon gerçekleşecek ve bir şikayet kalmayacaktır.
Düşük doz içerdiği için uzun vadede ciddi kilo aldırma gibi bir yan etkisi yoktur.
3 ayı geçtiği ve düzenli kullandığı halde ara kanama yaşayan hastalarda, ilacın başka bir ilaçla değiştirilmesi gündeme gelebilecektir.
Bir de çok nadiren görülen ve asıl korkulan yan etki, damarlarda tıkanıklık oluşumuna yol açmasıdır. Bu pıhtılar koparak hayati organlarda tıkanmaya yol açabilir ve önemli hastalıklara neden olabilir. Bu daha çok genetik eğilimi olan hastalarda karşımıza çıkabilecek son derece nadir bir tablodur. Ama böyle bir yan etkiyle karşılaşmamak adına hastanın düzgün seçilmesi çok önemlidir. Zaten yüksek miktarda sigara içen, ailesinde kalp damar hastalıkları olan, kronik karaciğer hastalığı olan, kilo problemi yaşayan hastalarda doğum kontrol hapları ilk tercihimiz değildir ve kullanılmamalıdır.