UEFA Kupası'nda grup maçlarından başarıyla çıkan ve Şampiyonlar Ligi'nde gruplarda 3. olan takımların yollarına devam ettiği kupada kura çekimleri yapıldı.
İsviçre'nin Nyon kentinde yapılan kura çekiminde Fenerbahçe, bu kupada daha önce Kayserispor'u eleyen Hollanda'nın AZ Alkmaar takımıyla eşleşti. Sarı Lacivertli takım turu geçmesi halinde Zulte Waregem-Newcastle United eşleşmesinden bir üst tura çıkan takımla karşılaşacak.
UEFA Kupası'nda Fenerbahçe, Şükrü Saraçoğlu Stadı'nda 14-15 Şubat 2007, rövanş karşılaşmasını ise 22 Şubat 2007 tarihinde yapacak.
UEFA Kupası'nda final karşılaşması ise İskoçya'nın Glasgow kenti'nde 16 Mayıs'ta oynanacak. UEFA Kupası'nda eşleşmeler şöyle:
Zulte Waregem (Belçika) - Newcastle United (İngiltere)
Braga (Portekiz) - Parma (İtalya)
Lens (Fransa) - Panathinaikos (Yunanistan)
Bayer Leverkusen (Almanya) - Blackburn Rovers (İngiltere)
Hapoel Tel Aviv (İsrail) - Glasgow Rangers (İskoçya)
Livorno (İtalya) - Espanyol (İspanya)
Feyenord (Hollanda) - Tottenham (İngiltere)
Fenerbahçe - AZ Alkmaar (Hollanda)
Werder Bremen (Almanya) - Ajax (Hollanda)
Spartak Moskova (Rusya) - Celta Vigo (İspanya)
CSKA Moskova (Rusya) - Maccabi Hayfa (İsrail)
AEK (Yunanistan) - Paris Saint German (Fransa)
Benfica (Portekiz) - Dinamo Bükreş (Romanya)
Steaua Bükreş (Romanya) - Sevilla (İspanya)
Shakthar Donetsk (Ukrayna) - Nancy (Fransa)
Bordeaux (Fransa) - Osasuna (İtalya)