Hashimoto hastalarında tiroid kanseri görülme oranının arttığını gösteren çalışmalar olmakla birlikte, bu sonucun tersi çalışmalar da mevcuttur.
Kanser oranının arttığını savunan araştırmacılar, Hashimoto tiroiditinde tiroid hücrelerini istila eden lenfositlerin DNA yapısını bozarak mutasyonlara neden olduğu ileri sürülmektedir. Yeni bir araştırmada tiroid ameliyatı olan hastaların tiroid dokuları incelenmiş ve Hashimoto tiroiditi olan tiroid dokularında %35 oranında papiller tiroid kanseri bulunmuştur.
Hashimoto hastalığının papiller tiroid kanseri gelişimi açısından bir risk oluşturduğunu söylemek için daha geniş araştırmalara gerek vardır. Ancak böyle bir ilişkinin olduğunu gösteren çalışmalar da dikkate alınarak, hastalar takip edilmelidir.