Orta çağda Katolik Kilisesinin, tehdit olarak gördüğü her şeyi ortadan kaldırmaya yönelik uygulamalarda bulunan, adaletsiz yargılama birimi olan engisizyon mahkemeleri; bir çok bilim adamına işkence yapmış, katletmiş ve çalışmalarının önüne geçmeye çalışmıştır. Üzerinden geçen yüzyıllarda, katolik kilisesi geçmiş uygulamalarından dolayı özür dilese bile, bu uygulamalar tarihe birer kara leke olarak geçmiştir.
16. Yüzyılda yaşamış, İtalyan filozof, rahip, gökbilimcidir. Aristotelesçi kapalı evren görüşünden ilk sıyrılanlar arasında yer alan İtalyan filozof, Kopernik'in tezini savunmuştur. Evrenin sonsuz ve eşdağılımlı olduğunu ve evrende, dünyadan başka birçok gezegenin bulunduğunu söylediği için 1600 yılında Roma Katolik Kilisesi'nin Engizisyon mahkemesinde yargılanıp sapkın ilan edilerek Roma'da diri diri yakılarak idam edilmiştir.
Engizisyon mahkemesinde yargılandığı sırada, fikirlerinden vazgeçmesi için zorlanmış ancak bunu kabul etmeyip, bildiği doğruların yolundan giderek ölüm cezasını kabul etmiştir. Bu konuda açıklaması ise şöyledir:
"Ne gördüğüm hakikati gizlemekten hoşlanırım, ne de bunu açıkça ifade etmekten korkarım. Aydınlık ve karanlık arasındaki, bilim ve cehalet arasındaki savaşa her yerde katıldım. Bundan dolayı her yerde zorlukla karşılaştım ve cehaletin babaları olan resmi akademisyenlerin yanı sıra kalın kafalı çoğunluğun öfkesinde hedef olarak yaşadım."
5 Şubat 1564 – 8 Ocak 1642 tarihleri arasında yaşayan İtalyan fizikçi, matematikçi, gökbilimci ve filozof Galileo da Bruno gibi dünyanın döndüğünü savunduğu için Engizisyonun radarına yakalanan isimlerdendir. İki kere mahkemeye çıkan Galileo'ya ilk yargılamada; söylediklerini inkar etmesi şartıyla idamının iptal edileceği söylendiğinde, Galileo; "Görmedim, Duymadım ve Bilmiyorum" diyerek kendini idam sehpasından kurtarmıştır. Bununla birlikte Galileo'nun Kopernik'in teorisini reddetmesi istenmiş, bununla ilgili yazılar yaıp, ders vermesi yasaklanmıştır.
İkinci kez yargılanması ise: "Dünyanın İki Esas Sistemi Üzerine Diyaloglar" adlı, Kopernik'in kuramını tartışan iki adamı anlattığı ve gizliden düşüncelerini yaymaya çalıştığı kitabı yüzünden olmuştur. Galileo: bu sefer de yine ölüm korkusu ağır bastığı için düşüncelerini reddetmiş ancak, kısık sesle: "Ben ne kadar dönmüyor desem de dünya dönüyor." diyerek ölümden kurtulup ömür boyu hapis cezası almıştır.
