Mehmet Duman barda gitar çalıp şarkı söyleyerek hayatını kazanan sıradan bir adamdır. 2013 senesinde Irak'ta ölümden dönmüştür. Mehmet bu olaydan sonra hafızasını kaybetmiştir. Hafızasını kaybettikten sonra geçen bir buçuk senede Mehmet, kim olduğunu araştırmış olsa da elle tutulur bir bilgi edinememiştir. Bir gece Mehmet'in çalıştığı barda kavga çıkar. Mehmet kavgayı ayırmak için araya girdiğinde başına sert bir darbe alır. Mehmet o anda geçmişine anlık bir gelgit yaşar. Mehmet geçmişine dair ufak da olsa bir şeyler hatırlatan gelgitleri sıklaştıkça kim olduğunu çözmeye başlayacaktır. Devlet adına çalıştığı söylenen gizli bir teşkilatta birçok pis olaya bulaştığını öğrenecektir. Bu onda bir yıkıma yol açacak, kendinden nefret edecektir. Mehmet, kendisine bunu yapan yapıyla amansız bir savaşa girecek ve bu teşkilatın arkasında kim olduğunu bulmaya çalışacaktır. Kimliğinin peşine düşen Mehmet, bir süre sonra gerçek adının Mehmet olmadığını, hafızasını kaybetmeden önce evli bir adam olduğunu üstelik sekiz yaşında bir de kızı olduğunu öğrenecektir. Karısının adı Canan'dır. Mehmet karısını ve kızını hatırlayamaz ama geçmişin anahtarı onlardadır. Mehmet zaman ilerledikçe günümüzde sevgilisi olan Zeynep ile hatırlayamadığı karısı Canan ve kızı arasında kalacaktır. Kara Kutu ilk bölümüyle 10 Mart Salı akşamı saat 20:00'da Kanal D'de...