Yenikapı’da, Marmaray inşaatı sırasında İstanbul’un en eski kalıntılarının bulunduğu alanın durumu görenleri kahrediyor. İstanbul’un 8500 yıllık tarihine dayanan izlerin bulunduğu alan evsizlerin mekanı olurken, oluşan çöp yığınları da dikkat çekiyor. İstanbul Üniversitesi Mimarlık Fakültesi’nden Prof. Dr. Kemal Kutgün Eyüpgiller, tarihi yapılardan sonra tarih öncesi döneme ait kalıntılara da sahip çıkılamadığını söyledi. Milliyet'te yer alan habere göre; Yenikapı Batıkları’nın olduğu alan baraka ve naylon çadırların olduğu barınma yeri haline geldiğini vurgulayan Eyüpgiller, arkeolojik alanın insanlardan arındırılması gerektiğini söyledi:
“Uyardık ancak bir sonuç alınmış değil. Bu alan Yenikapı Batıkları’nın olduğu son derece kıymetli ve önemli bir arkeolojik bölge. Burada İstanbul’un 8500 yıl dayanan izleri var. Eski liman bölgesi, mendirek kalıntısı çok kıymetli batıklar. Kazılar sırasında çeşitli insan kemikleri de bulunmuştu. Yenikapı’da yıllardır arkeoloji müzesi, yapılması gündemde ancak bir türlü hayata geçirilmiş değil. Söz konusu alan bakımsızlık ve ilgisizlikten kötü durumda. Bir takım kişiler kalıntıların üzerine barakalar yapmışlar. Çevreye saçılan çöpleri kimse görmüyor mu? Tarihi duvar kalıntılarının olduğu alan biran önce temizlenerek, müze projesi hayata geçirilmeli.Şayet müze planı ertelenmiş veya yapılmayacak ise arkeolojik alan ciddi bir koruma altına alınmalı. İnsan giriş ve barınmaların önlenmesi gerek. Böylesi görüntüler, maalesef kadim şehrimize yakışmıyor. İstanbul’un kuruluşunun 8500 yıl öncesine dayandığını belgeleyen kalıntıların korunması elzemdir. Neolitik dönemin insanlarına ait kalıntıların olduğu alanın mutlaka güvenlik çemberine alınması gerekir.”
Liman arkeolojisi alanında dünyanın en önemli kazılarından biri kabul edilen Yenikapı Batıkları, 17 yıl önce Marmaray kazıları sırasında keşfedilmişti. Theodosius Limanı ve içinde barındırdığı 37 batığın dünyanın en büyük Orta Çağ gemi buluntu topluluğu tespit edilmiş, kazının en alt tabakasında ise Neolitik döneme ait kalıntılar bulunmuştu. Tüm katmanların kazı çalışmaları ise 2013 yılında tamamlanırken, paha biçilemez değerdeki kalıntıların kurtarılması için İstanbul Arkeoloji Müzeleri Müdürlüğü kurtarma kazıları, İstanbul Üniversitesi’nden uzmanlar ise batıkların araziden kaldırılması, belgelenmesi ve koruma-onarım uygulamaları çalışmalarını üstlenmişti.