Tohumlar suda bekletildikleri zaman ısı ve oksijen oranına bağlı olarak uyanırlar. Tohum çevresindeki sert katman çatlar ve filizlenmeye başlar. Bu işlem tohumun çimlendirilmesi veya filizlendirme olarak bilinir. Baklagil ve tahılların bu işlemden geçtiklerinde vitamin, mineral ve enzim oranları 8 kat daha çoğalır. Bu yüzden meydana gelen filizlerin besin oranları çok fazladır. İçerisindeki proteinler, amino asitlere parçalanır ve vücutta çok daha sağlıklı ve kolay erirler. Bu işlemle birlikte karbonhidrat ve yağları da kolay sindirilebilir bir hâle dönüşür. Çimlendirilerek geliştirilmiş bitkilerin tüketilmesi sindirim sistemini düzenleyici ve vücut direncini artırıcı etkisi bulunur. Çimdirme işlemi yapılacak tohumların herhangi bir işlemden geçmemiş olması gerekir. Baklagiller ve tahılların hepsi başta olmakla birlikte kinoa, ay çekirdeği, kabak çekirdeği, turp, brokoli, soya filizi gibi tohumlarda da çimlendirme işlemi yapılabilir.
Çimlendirme işlemi yapılmadan önce tohumların kontrol edilmesi gerekebilir. Tohumun boş veya çürümüş olması çimlendirme işleminde başarılı sonuçlar doğurmaz. Tohumların kalitesini kontrol etmek için tohumları bir bardak suyun içerisinde birkaç saat bekletilebilir. Birkaç saat sonra kaliteli tohumlar dibe çöker, çürük ve boş tohumlar ise suyun üzerinde yüzer. Bu yüzden dibe çöken tohumların kullanılması başarılı bir çimlendirme işlemi sağlayacaktır. Çimlendirme işleminin aşamaları şu şekildedir:
Çimlenen tohumu ekilecekse yetiştirilmek istenilen bitkinin bakımı ve yaşam şartları öğrenilmelidir. Bu sayede başarılı bir çimlendirme işlemi sonrasında doğru dikim ve bakım teknikleri kullanılarak sağlıklı bir bitki elde edilebilir. Çimlenen tohum kökünün yönü toprağa dönük bir şekilde yerleştirilerek üzeri toprak ile örtülür. Toprağa dikilecek tohumun ne kadar derinde olması gerektiği tohumlara göre farklılık gösterir. Genellikle tohumun 2-3 katı büyüklüğünde bir derinliğe yerleştirilmesi gerekir. Çok derine yerleştirilen tohumların hava ve ısıya ulaşması güç olacağından büyümeleri yavaş olacaktır.
Çimlenmiş tohumun toprağa dikilmeden tüketilmesi de mümkündür. Çimlenen tohumlar bol suda yıkanıp süzülerek bu şekilde de tüketilebilir. Bunun haricinde çeşitli pişirme teknikleri de uygulanabilir. Bu tohumların salatalarda ve çorbalarda kullanımı da oldukça yaygındır. Ayrıca buğday çimlerini tüketmek oldukça yararlıdır. Ancak bu tohumlar tüketilirken miktarına dikkat etmek gerekir. Aşırıya kaçmadan bir avuç tüketilmesi sindirimi zorlamaz.
Çimlenme süresi tohumların türüne ve uygun koşulların sağlanmasına göre değişebilir. Kaliteli bir tohum ve ortamın ısısı çok önemlidir. Uygun koşullar sağlandıktan sonra çimlenme süresi 3 gün sürer. Tohumun türüne bağlı olarak 5-6 günü de bulabilir. Bu süreçte tüm adımlar eksiksiz uygulanmalı ve bakımları aksatılmamalıdır.