Tüp bebek uygulamasının 5 aşaması vardır. Tüp bebek aşamalarından birincisi tedavi öncesi görüşme ve en uygun tedavi yöntemini bulmaktır.
Tüp bebek tedavisi düşünülen adaylarda tedavi, anne adayının adetinin 2. Veya 3. Günü uygulanmaya başlanır. Başlangıç günü ultrason uygulanır. Bunun sebebi, ultrasonda yumurtalıklarda ve rahimde tedaviye başlamaya engel olacak bir sorunun olup olmadığını saptamaktır.
Anne adayının tedavisine başlamak için herhangi bir engel görülmezse; anne adayının yaşı, kısırlık sebebi, kan tahlil sonuçları ve yumurtalık kapasitesi de dikkate alınarak hastaya göre olabilecek en uygun tedavi yöntemine karar verilir. Bunun akabinde tüp bebek uygulaması için yumurta oluşumunu gerçekleştirmek adına hormon tedavisine başlanır. İğne şeklinde hormon barındıran ilaçlara başlanır. Bunun sebebi yeni adet döneminin 3. gününde yumurtalıkların uyarılması içindir. Yumurtalıklardan birden fazla yumurta hücresinin gelişimini sağlamak adına bu ilaçlar uygulanır. Bu hamilelik olasılığını yükseltmektedir. Yumurtalıklarının uyarılma süresi hastadan hastaya değişmektedir. Yumurtalıkların kullanılan ilaca yanıtı, bu sürecin uzunluğunu belirler. Genellikle bu uzunluk 10-12 gün arasında değişmektedir. İki günde bir hormon ve ultrason yardımıyla bu dönemde yumurta gelişimi takip edilir.
Yumurta hücreleri belli olgunluğa ve büyüklüğe eriştikten sonra, yumurtaların çatlamasına yardım eden hormonal bir iğne ile çatlaması sağlanır. İğne uygulandıktan 34-36 saat sonra yumurta toplama operasyonu gerçekleştirilir. Bu iğne muhakkak zamanında yapılmalıdır. Yumurta toplama uygulaması, sedasyon anestezi yani uyku hali denilen bir hal altında trans vajinal ultrasonografi aracılığı ile uygulanır. Bunun sebebi hastanın ağrı hissetmesini önlemektir. Hasta sabah aç karnına alınır.
Bu operasyon esnasında foliküllerin içindeki sıvı toplanır. Sıvıda yumurta bulunup bulunmadığı değerlendirilerek olan yumurtalar toplanır. İlkişlemde folikül sıvısında yumurta bulunamayabilir. Bu durumlarda özel bir sıvı yardımı ile folikül içi yıkanır ve folikül içinde kalmış olabilecek yumurtalar bulunmaya çalışılır. Hasta başına yumurta sayısı 10- 12′yi bulabilirken, bu rakam 1′den 40′a kadar da çıkabilir. Çok ender olarak, hiç yumurta toplanamayabilme ihtimali de mevcuttur. Bu işlem sonrası hasta bir iki saat takip edilir ve ardından evine gidebilir. Bundan sonraki aşama ise toplanan yumurtalar içerisinde ideal olanların seçilmesi, döllenmesi ve rahim içine transferidir.
Yumurta toplama işlemiyle elde edilen yumurtalar seçildikten sonra, sperm hücre kalitesine bakılarak, klasik tüp bebek ya da mikroenjeksiyon aracılığıyla laboratuvar ortamında döllenmesi sağlanır. Bazı durumlarda döllenme olasılığını arttırmak adına mikroenjeksiyon yöntemi kullanmak daha faydalı olabilmektedir. Sperm hücresi, yumurta hücresini döller ve böylece EMBRİYO meydana gelir. Özel kültür ortamında, döllenmiş yumurtalar, anne adayının rahmine transfer edilebilecek hala gelinceye dek izlenir. İyi ve kaliteli embriyo ayıklanarak rahim içine transferi gerçekleştirilir.
Ardından rahime tutunması beklenir.