Fortis Türkiye Kupası 2. kademe maçları kura çekimi yapıldı. Ankara Swiss Otel'de yapılan kura çekimine Futbol Federasyonu Yönetim Kurulu Üyesi Galip Asal, Futbol Federasyonu Genel Sekreter Vekili Nüzhet Bağış Kiper, Futbol Federasyonu Profesyonel Maçlar Organizasyon Müdürü Ufuk Şepik ile kulüp temsilcileri katıldı.
İkinci kademe müsabakaları 32 takımın katılımıyla 20 Eylül 2006 Çarşamba günü yapılacak.
Tek maçlı eleme yöntemiyle oynanacak maçlar sonunda galip gelen takım tur atlayacak. Karşılaşmaların normal süresinin beraberlikle bitmesi halinde, maçlar 15'er dakikalık iki devre halinde uzatılacak. Uzatma süresinde de beraberlik bozulmazsa kazanan takım, seri penaltı atışları sonucunda belirlenecek.
2. turu geçen 16 takım ile Turkcell Süper Ligi 2005-2006 sezonunu ilk 4 sırada bitiren Galatarasay, Fenerbahçe, Beşiktaş ve Trabzonspor'un katılımıyla oluşturulacak 5'erli 4 grupla kupada mücadeleye devam edilecek.
Kupada 2. tur kura çekiminde takımlar şöyle eşleşti:
Antalyaspor - Eskişehirspor
Gebzespor - Konyaspor
Bursaspor - Akçaabat Sebatspor
Keçiörengücü - Gaziantepspor
Sivasspor - Alanyaspor
Kasımpaşa - Ankaraspor
Kayseri Erciyesspor - Orduspor
Elazığspor - Ankaragücü
Sakaryaspor - Bucaspor
İstanbulspor - Vestel Manisaspor
Kayserispor - Mardinspor
Karşıyaka - Denizlispor
Gençlerbirliği - Gaziantep Büşükşehir Belediyespor
Siirtspor - Çaykur Rizespor
İnegölspor - Gençlerbirliği Oftaşspor
Samsunspor - İstanbul Büşükşehir Belediyesi