UEFA Kupası'nda 1. tur maçlarının kura çekimi Monaco'da yapıldı. Kura çekimi sonucunda Vaduz'u eleyerek 1. tura yükselen Beşiktaş, İsveç'in Malmö, Galatasaray ise Norveç'in Tromso takımıyla eşleşti.
Kura çekiminde temsilcilerimiz seribaşı olarak yer aldı. 80 takımın katıldığı 1. turda maçlar, 15 ve 29 Eylül'de yapılacak. Bu turu geçen takımlar, ilk kez geçen sezon uygulanan sisteme göre gruplara kalacak ve 5'erli 8 grupta toplam 40 takım mücadele edecek.
Grup maçlarının kurası 4 Ekim'de İsviçre'nin Nyon kentinde çekilecek. Gruplarda her takım 4 maç yapacak ve ilk 3'e girenler bir üst tura yükselecek. Bu turda, gruplardan gelen 24 takımın yanısıra, Avrupa Şampiyonlar Ligi'nde gruplarında 3. olan toplam 8 takım mücadele edecek. 3. tur, çeyrek final ve yarı finalin ardından kupanın finali 10 Mayıs 2006 Çarşamba günü Hollanda'nın Eindhoven kentinde yapılacak.