Cevdet'in asıl imtihanı şimdi başlamıştır. Ne gözünün nuru karısına, ne evlatlarına ne de anasına aslında kendi vatanının kurtuluşu için çalıştığını söyleyemeyecektir. Çünkü bu hem onların canını hem de vazifesini tehlikeye atmak demektir. Cevdet saklanan silahları, Yunanlıların eline geçmeden bulmak zorundadır. İzmir'in hatta Anadolu'nun kaderi buna bağlıdır.
Silahları kendine saklamak için cinayet işleyen Tevfik ise camide bir ipucu bıraktığının farkında değildir. Diğer yandan Vasili için İtilaf devletlerinin katılacağı baloda Cevdet'in ailesinin de orada olması son derece mühimdir.
Yıllar sonra kocasının Yunan üniforması ile dönüşünü hazmedemeyen Azize ise Cevdet'ten boşanmak ister. Cevdet kabul eder; ancak bir şartı vardır. Cevdet her ne kadar bir yabancı gibi olsa da aşkından bu kadar kolay vazgeçmesi Azize'yi sarsar. Cevdet'in vatan haini olarak dönüşü ise ailesini tehlikeye atacaktır.
“Benim vatanım sensin” diyecek kadar kocasını seven Azize için ise aşk hiç bu kadar acı vermemiştir. Cevdet'i, Yunan üniformasının içinde görmek, vatan toprakları için kocasından sonra oğlunu da şehit verdiğini zanneden anası Hasibe'nin, vatansever babasının izinden yürüyen kızı Hilal'in, Yunan Komutanının oğluna ilgi duyan kızı Yıldız'ın da kaderini değiştirecektir.
Düzeni başına yıkılan biri daha vardır; Cevdet'e Selanik topraklarında hıyanet eden onu sırtından vuran kan kardeşi Miralay Tevfik. Azize, ölümden daha çok canını yakan bir aşkın içinde bulurken kendini Albay Cevdet için ise, ailesini yeniden kazanmak hiç de kolay olmayacaktır.
Balkan harbinin sonlarına doğru Selanik'te bir binbaşıdır Cevdet ( Halit Ergenç). Vatanı için yiğit bir asker, karısı Azize'ye ( Bergüzar Korel) tutkun bir aşık; çocukları Ali Kemal, Yıldız ve Hilal'e şefkatli bir baba, anası Hasibe'ye ise hayırlı bir evlattır.
Kan Kardeşi Tevfik’le beraber cephede vatan topraklarını kaybetmemek için var gücüyle direnirken başına gelen kalleş bir olay her şeyi alt üst eder. Cevdet ailesinden kopmaya mecbur kalır. Selanik’ten İzmir’e göç etmek zorunda kalan Azize’ye ise Tevfik yardım eder.
Ona karşı yıllardır gizlediği duygularını belli etme pahasına yanlarında olur. Oysa Tevfik’in de büyük bir sırrı vardır. Azize üç çocuğu ve kayınvalidesi ile zorlu bir mücadelenin içinde bulur kendini.
Canından çok sevdiği kocasının yokluğuyla ve savaş yıllarının zorluklarıyla mücadele ederek yetiştirir çocuklarını. 1919 yılında, Yıldız güzeller güzeli, gözü yükseklerde, Hilal ise memleket sevdalısı mücadeleci bir genç kız olmuştur.
Yıldız, Yunanlılar’ın şerefine düzenlenen bir baloya gizlice katılırken, Yunan Teğmen’i Leon’a aşık olur. Hilal, işgale karşı insanları örgütlemek için gazete yazıları yazarken başını derde sokar. Ali Kemal ise gönlündeki aşk acısıyla ve kendisine dair öğrendiği hazin sırla yaşamaya çalışan serseri bir mayın gibidir.
Azize her birinin dertleriyle uğraşmaya çalışırken, İzmir’in Yunanlılar tarafından işgal edileceği haberi ile sarsılırlar. Oysa bu işgal onlara yıllar önce kaybettikleri birini geri getirecektir. Ama hiç ummadıkları bir şekilde...
Vatanım Sensin; işgal yıllarında vazifeleri ve vicdanları arasına sıkışanların, aşklarını yine de yeşertmeye çalışanların, her şeye rağmen bir arada kalmaya gayret eden bir ailenin, esaretten özgürlüğe doğru çıkılan amansız bir yolun hikayesidir...